Risale-i Nur’un kaynağı Kur’ân’dır. Üstad Hazretleri başka hiçbir esere baş vurmamış, ilhamını doğrudan Kur’ân’dan almıştır. Zaten Risale-i Nur’un yazılış şekli de bunu göstermektedir. Talebeleri ile kırlarda gezerken, birden durur, “yaz kardeşim” diye başlar, bambaşka bir halet-i ruhiye içinde o kısmı yazdırırdı. Bazen de aniden durur, “perde kapandı” derdi. 

Bir kısmı da, hapishanerde, kâğıdın bile bulunmadığı mekânlarda, kesekâğıdı ve sigara kâğıtlarına yazılarak ortaya çıkmıştır. Yine yazmaya ve yazdırmaya başlamadan önce o konuya ait Âyetleri defalarca okur, ondan sonra gelen ilhamla yazdırırdı. Onun için Risale-i Nur’u yazdırırken, yanında Kur’ân’dan başka bir kitap bulunmuyordu.  

O, bu konuda şöyle diyor: “Manevî bir elektrik olan Risale-i Nur dahi, ne Şark’ın malûmatından ve ne de Garp’ın felsefe ve fünunundan iktibas edilmiş bir nur değildir. Daha doğrusu, semavî olan Kur’ân’ın Şark ve Garp’ın fevkindeki yüksek mertebesinden iktibas edilmiştir.” (Sikke-i Tasdik-i Gaybî, s. 76)

Risale-i Nur’un ilhamla yazıldığını gösteren bir manevî mu’cizesi de, okuyan herkesin âlim olsun, âmi olsun, kendi kabiliyetine göre istifade ediyor olmasıdır. En derin mevzular, misal dürbünü ile aklın gözüne yaklaştırılmakta, insan gözüyle görüyor gibi inanmak durumunda kalmaktadır. Burada da Üstad, yine bu özelliklerin Kur’ân’dan geldiğini, kendi malı olmadığını, kendisinin büyük bir mücevherat dükkânının dellâlı olduğunu, aczine binaen bu şekilde yazdırıldığını beyan ediyor.