Bu düşüncenin felsefesinin dayandığı parametreler ise, bu işin metodolojisini oluşturur. Batıda felsefi akımların tayin ettiği eğitim manifestosu modern pedagojinin psikoloji ve sosyolojinin kurulmasını sağlamış, önemli ilerlemeler kaydedilmiştir. Ne yazık ki, fıtrî ayakları yere basmayan bu durum yeni çağın vizyonunda bu sistemi de model olmaktan uzak bir seyir arz etmektedir. Ontolojik olarak büyük bir zaafiyet içindedir. Evvelâ bunu belirtmek lâzımdır ki, sistem bilgi ve başarıya odaklanmış, terbiye ve tasfiye de yetersiz ahlâkî bir zemine oturtulmuştur.

Bu da insanı insan eden değerlerin ahlâkî boyutunda yetersiz bir durum oluşturmuştur. Heva, heves, his, kalp, ruh ve akıldan oluşan insan fıtratını devre dışı bırakarak, hedonik gayeler etrafında pervane olan pespaye arzuların esiri insanları hedeflemiştir. Bunun için Bediüzzaman’ın da formülü olan akıl ve kalbi odağına alan, din ilimleri ile fen ilimlerinin imtizac ettirilmesi gerekir. 

Bunun zarurî olduğunu şu sözleriyle anlıyoruz: “Ey üç yüz sene sonra gelenler! Şu kalenin (Van Kalesi) başında bir medrese-i Nuriye çiçeğini yapınız. Cismen dirilmemiş, fakat ruhen bâki ve geniş bir heyette yaşayan Medresetüzzehra’yı cismanî bir surette bina ediniz.”

Evet, Kur’ân’ın metodunu esas alan, nebevî eğitimin bu asırdaki göz kamaştıran projesi Medresetüzzehra’dır. Batı ile doğuyu buluşturan, felsefe ile Kur’ân’ı barıştıran, din ile fen ilmini kaynaştıran bu sistem mükemmel kaliteli çağdaş eğitimi amaçlamış. Irkçılığı ortadan kaldıran, insanî değerleri kazandıran, vahyin ışığında, Kur’ân’-  ın önderliğinde, Resulullah’ın (asm) rehberliğinde, asrın imamının hizmetine esas, hayatına ayna, hedefine amaç aldığı eşsiz emsalsiz bir eğitim modeli..

Bu zamanda İslâmın yanlış anlaşıldığı veya yeni bir yorumla çağın getirdiği büyük şüphe ve tereddütlere karşı İslâmî ve imanî hakikatleri temellendirmektir. Bu herşeyi ile bir inşa sürecidir.

Değerli fikir düşünce ve edebiyat insanı millî şairimiz “Doğrudan doğruya Kur’ân’dan alıp ilhamı,/ Asrın idrakine söyletmeliyiz İslâmı” diyerek önceliğin iman eğitiminde olduğunu belirtmiştir. Fen ve felsefeden gelen dalâleti kıracak, şüphe ve tereddütleri izale edecek bir şekilde temel olarak iman eğitimine öncelik verilmelidir. İman esastır, temeldir. Bu eğitim projesi ile İslâm âlemi bütün dertlerinden kurtulacak. İslâm ve iman hakikatleri yeni nazil olmuş gibi zihinlere nakşedecek. Maddî ve manevî kemalata yükselecek. Diğer milletleri mıknatıs gibi fevc fevc İslâma çekecek. Küresel bir Asr-ı Saadeti oluşturacak.