Bu husustaki teklifini proje haline getirerek 1908’de İstanbul’da Sultan II. Abdülhamid’e bizzat takdim etmek istedi, ama önüne konulan bürokratik engelleri aşamadığı için bu mümkün olmadı. 

Ama Bediüzzaman yılmadı. Sultanı deviren 31 Mart olayını müteakiben haksız ithamlarla yargılandığı sıkıyönetim mahkemesinde beraat ettikten sonra 1910 yılında gittiği şarkta aşiretleri dolaşarak bu projeyi halka mal etmeye çalıştı. 

Münâzarât adıyla kitaplaştırılan sohbetlerinde, üniversite projesi için şöyle diyordu: “Camiü’l-Ezher’in kızkardeşi olan Medresetüzzehra namıyla darülfünunu mutazammın (üniversiteyi içine alan) pek âlî (yüksek) bir medresenin Bitlis’te ve iki refikasıyla Bitlis’in iki cenahı olan Van ve Diyarbekir’de tesisini istiyoruz.” 

Ardından İstanbul’a döndü ve Abdülhamid’in halefi Sultan Reşad’la, refakaten katıldığı Rumeli gezisinde görüşmeye muvaffak olup, o günlerde Kosova’da kurulması düşünülen, ancak Balkan Harbi’nde burası istilâ edildiği için akim kalan üniversite projesine ayrılmış on dokuz bin altın liralık tahsisatın, doğuda kurulmasını istediği Medresetüzzehra’ya aktarılmasını kabul ettirdi. 

Sonra Van’a giderek göl kıyısında üniversite binasının temelini attı. Ama Birinci Dünya Harbi patlak verince, temel, atıldığıyla kaldı. 

Akabinde Üstad talebeleriyle vatan müdafaası için cepheye koştu. 

Esir düştü. Esaret dönüşü İstanbul’da İngiliz işgaline karşı mücadele verdi. Anadolu’daki Kurtuluş Savaşı’nı destekledi. 

M. Kemal’in ısrarlı davetleriyle gittiği Ankara’da, yeni devletin idarecileriyle Birinci Meclis üyelerine, yarıda kalan üniversite projesini anlatıp destek istedi. 

Çoğunluğu ikna edip M. Kemal’in de imzasıyla tahsisat çıkarmayı başardı, ama yeni yönetimin medreseleri kapatma kararı üzerine bu teşebbüsü de sonuçsuz kaldı. 

Bu durumda Bediüzzaman, idealindeki üniversiteyi kurmak için çok farklı ve orijinal bir yolu denedi ve muvaffak oldu: Medresetüzzehra’yı, telif ettiği Risale-i Nur Külliyatı’yla manen inşa etti.