Ümmetin ve İslâm Devletinin dağılması sonrasında, hedefi ve çerçevesi büyük değişimlerin getirdiği yeni bir “şimdi ve gelecek” yapısına göre şekil değiştirmiştir. Risale-i Nur’da bu mana “iman, hayat ve şeriat” olarak çerçevesi çizilen ve İslâm’ın tekrar şevketli bir duruma yükselmesine ilişkin yüksek ilmî, siyasî ve içtimaî dönüşüm planı olan bir yaklaşımı ifade eder. İman, hayat, şeriat kavramları ise, esasında -tabiri caizse- “Müslüman Aydınlanması”nın dönemlerini anlatır. Rönesans, nasıl tarihte Hümanizm denilen bir tür okulu ortaya çıkarmış ve bu okul da şimdiki modern Avrupa’yı meydana getiren süreci başlatmıştır; aynen öyle de Medresetüzzehra da, çekirdeğinde Risale-i Nur’un maksat ve manaları olmak üzere, birbirine kuvvet verecek ve destek olacak ilim, bilim, san’at ve fikir adamlarının oluşturacağı büyük bir sosyolojiyi ifade etmektedir. Modern Avrupa, Hümanizm ideali üzerine oturmuş bir bilim, san’at ve felsefe ortamında ortaya çıkmışken; Müslümanların yükselişi hurafe ve İsrailiyyat’tan arınmış din-i İslâm üzerine müesses bilim, san’at ve felsefe atmosferinde gerçekleşecektir.

Bediüzzaman, Nur Risaleleri’nde, imanî meseleleri modern bilim ve pozitif aklın sorgulamalarına da cevap verebilen bir şekilde, tahkikî düzeyde ele almış; İslâmiyet’te, Avrupa ve Hıristiyanlık’ta olduğu gibi bir Reform’a gerek olmadığını etkileyici bir şekilde göstermiştir. Fakat, içtimaî unsurların tahakkuku için Rönesans’a ve Sanayi Devrimi’ni gerçekleştiren ruha ve gayrete ihtiyaç olduğunu; benzer bir çabanın İslâm dünyasında da yaşanması gerektiğini düşünür. “Medresetüzzehra” bu anlamda bir yaklaşımı ifade eder. Bu projenin esas çerçevesi zamane Müslüman’ının ve insanlığın ihtiyaçlarına cevap veren, ticaret, miras, şahsî hak ve vazifelerin tarifi gibi hukukî ve sosyolojik çözümler ile tahakkuk edecektir. Müslümanlar arasındaki iletişimin doğru ve kesintisiz devam etmesi; güven ortamının tahakkuku ve yardımlaşma ve dayanışmanın kolay- laşması gibi evrensel huzurun sağlanmasına katkıda bulunacak bir takım hedefler de bu çerçeveyi tekmil eder.

Bediüzzaman, daha genç yaşta Fransız İhtilâli ile beraber dünyayı istilâ etmiş bir ruh hâlini gözlemler. Bu ruh hâlinin iki yönü vardır. Bir tarafta 19. Yüzyılın başlarında ortaya çıkan Sosyalizmin dinsizliğe yenik düşerek Komünizme dönüşmesi vardır. Diğer tarafta da Burjuvazinin Kapitalizme evrilmesiyle mal ve servetin dağılımındaki dengenin fazlasıyla bozulması yer alır. Bediüzzaman bu iki yönlü ve tehlikeli değişimin, Fransız İhtilâli’nde ortaya çıkan anarşist düşünceye güç kazandırdığını gör- müştür. Anarşist düşünce, şimdiye kadar kazanılmış bütün medeniyet unsurlarını vandalist bir ruhla dağıtmaya, yıkmaya fazlasıyla heveslidir. Bu heves o kadar ileri gidecektir ki, İslâm dünyasının inkırazına ve iki dünya savaşının yaşanmasına sebep olacaktır. 

Anarşist düşüncenin Avrupa’yı ve Asya’yı sardığını; dinsizliğin bu anarşist ortamda kolayca yeşerdiğini ve “din” olgusunun tarihte hiçbir zaman rastlanılmamış bir şekilde büyük bir tehlikeyle karşı karşıya kaldığını söyleyen Eski Said; Ye’cüc ve Me’cüc’den daha büyük ve tahrip edici bu salgının, ancak onun kullandığı pozitif bilimler ve maddî terakki unsurları da kullanılarak yıkılabileceğini düşünmektedir. Bu küresel boyuttaki tamir ve tecdit hareketinin motoru olacak hür, bilimsel ve imanî bir atmosferin ortaya çıkarılması ve bu yapının şahs-ı manevîsi ile “anarşi” düşüncesinin yenilgiye uğratılması gerekmektedir. Silâhla yapılacak her türlü müdahale hem suçsuz ve masum pek çok insanın hakkına tecavüze sebep olacak hem de anarşinin beslendiği terör ve kargaşa ortamının canlılığına katkıda bulunacaktır. İki dünya savaşı bize bunu açık şekilde göstermiştir. 

Medresetüzzehranın, anarşi fikriyle olan mücadelesi işte böyle kuvvetli sebeplere oturmaktadır.

Klâsik bir medresede klâsik bir eğitim almaktan mahrum kalmış Bediüzzaman’ın ortaya koyacağı dâr’ül-fünun formatının mevcut klâsik yapılardan farklı olması beklenebilir. 

Medresetüzzehra’nın; çeşitli üs- tatlar ve şahsiyetler üzerinde ve etrafında değil de daha çok bir entelektüel topluluk üzerinde devam eden ekollere benzer şekilde; ümmet düzeyinde sorunları ele alan ve çözüm teklifleri getiren canlı bir yapıyı ifade etmesi gerekir.

Bu üniversitede, temel İslâmî konularla birlikte; bilim, san’at, teknoloji ve felsefe de birbirleriyle etkileşimli olarak yer alacaktır. Risale-i Nur’da tavsiye edilen tefsir ve din eğitimi yaklaşımına uygun şekilde ortaya konulacak yeni faaliyetler kültürel düzeyde din eğitiminin verilmesini sağlayacaktır. Medresetüzzehra’nın birinci basamağı olan ‘iman’ hakikatlerinin yaygın şekilde talimine başta Risale-i Nur Talebeleri olmak üzere bütün cemaat ve cemiyetler sorumludur. Medresetüzzehra’nın üniversite manasındaki diğer yüzü, ikinci basamak olan ‘hayat’ merhalesinin tahakkuku ile ilgilidir. Bu merhalede siyasî, sosyal ve ekonomik yapının düzeltilmesine yönelik olan ilmî çalışmalar yapılacak ve yeni yöntemler geliştirilecektir.

Anarşist düşüncenin İslâm ümmeti içinden sökülüp atılması; zihinlerde, edebiyat ve kültür âleminde faaliyetini kaybetmesi “Hayat devresi”nde yapılan çalışmalarla gerçekleşecektir. Bu çalışmaların ümmetin her tarafında yaygınlaşması, Medresetüzzehra’nın bir model olarak her yerde ortaya çıkması elbette belirli bir düzeyde İttihad-ı İslâm’ın gerçekleşmesine yol açacaktır. 

Medresetüzzehra’ya mündemiç üçüncü mana olarak ‘şeriat’, böylesi bir ittihat düzleminin oluşmasını ifade eder. İttihad-ı İslâm, Hakikî İsevilik dininin mensuplarıyla olan stratejik ortaklıklarla, dinsizliği ortadan kaldıracak bir güce ulaşabilecek ve Ahirzamanda müjdelenen saadet devri böylece ortaya çıkacaktır. 

Bediüzzaman’ın kemâl manadaki şahsiyet-i manevîsi Medresetüzzehra’nın böylesi aşamalarla tam tahakkuk etmesi ile gün yüzüne çıkacaktır.