Atiker Konyaspor Başkanıyken geçen 21 Ağustos'ta Cumhuriyet Başsavcılığı'na Fetullahçı Terör Örgütü/Paralel Devlet Yapılanması (FETÖ/PDY) soruşturması kapsamında ifade veren Ahmet Şan, 1 gün sonra görevinden istifa etti. Şan hakkında, 2'nci Ağır Ceza Mahkemesi'nde 'Silahlı terör örgütüne üye olmak' suçundan 15 yıla kadar hapis cezası istemiyle dava açıldı.

Henüz yargılanmasına başlanmayan Ahmet Şan'ın avukatı Tevfik Buğdaycı, Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'nın açıkladığı, iradeleri dışında FETÖ/PDY'nin şifreli haberleşme programı 'ByLock IP'lerine yönlendirilmiş olan, 11 bin 480 GSM numarası kullanıcısı listesinde, Ahmet Şan'ın da isminin bulunduğu belirtti. Şan'ın adli kontrol kararı nedeniyle hafta üç gün polis merkezine giderek imza attığını hatırlatan Buğdaycı, şunları söyledi:

''Ahmet Şan hakkındaki adli kontrol kararının kaldırılması için mahkemeye dün başvurduk. Kararın kaldırılmasını bekliyoruz. Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan iddianamede, Ahmet Şan'ın, sonu '6002' ile biten telefon numarasında 03- 21 Eylül 2014 tarihleri arasında 13 kez, sonu 137 ile biten hedef IP'ye (ByLock programı) bağlantı yapıldığı kaydedildi. Bu bağlantılar çoğu aynı saniye ya da birer saniye aralıklarla olduğu için sadece 4 kez giriş yaptığı ve içeriğine de rastlanılmadığı belirtilmişti. Yine telefon cihazında yapılan incelemede ByLock uygulamasına rastlanılmadı. Namaz vakti ve kıble pusulası uygulamalarına rastlanılmıştı. Biz soruşturmanın ilk safhasından itibaren Ahmet Şan'ın FETÖ/PDY ile bağlantısının olmadığını açıklamıştık. Telefonuna namaz vakti ve kıble pusulası uygulamaları ile ByLock'a yönlendirilebileceğini mahkemeye iletmiştik. Ahmet Şan'ın henüz yargılanmasına başlanmadı ve ilk duruşmada da beraat edeceğine inanıyoruz.''