Felsefenin konusu olan metafizik meseleler, bilimlerin dayandığı temel ilkeleri ele almaktadır. Dolayısıyla Batı medeniyeti için Batı felsefesi önemli olmaya devam etmektedir. Felsefenin Batı medeniyeti içerisinde yaptığı görevi, günümüzde İslam dünyasında Risale-i Nurlar gerçekleştirmektedir. Müslümanlar hangi bilim dalı ile uğraşırsa uğraşsın, Batı felsefesini referans alma ihtiyacı duymadan, Risale-i Nurları esas kabul edebilirler ve temel ilkelerini oradan alabilirler. Hatta Batı medeniyetinin içerisinde kaybolmak istemiyorlarsa, Risale-i Nurları referans almak zorundadırlar. Aksi halde Batı medeniyetinin taklitçisi, modern kölesi olmaktan kurtulamazlar. Mevcut durumumuzda kurtulamadığımızı açık şekilde göstermektedir.

Müslümanların Batı’dan bilimleri transfer etmeleri de bir çözüm yolu olmamıştır. Batı’nın fennini, tekniğini alıp kültürünü, ahlakını onlara bırakma düşüncesi başarılı olmamıştır. Diğer milletler gibi Müslümanlar da Batı medeniyetinin boyası ile boyanmışlar, kendi değerlerini kaybetmişlerdir. Çünkü Batının fen ve tekniği de felsefesine dayanmaktadır. Fizik, kimya, biyoloji öğrenirken farkında olmadan ya da olarak Batının felsefi anlayışını da almış olmaktayız. Bunu İslam dünyasının Yunan felsefesi ile ikinci olarak yüzleşmesi kabul etmek yanlış olmaz. Zira Batı felsefesi de Yunan felsefesinin bir devamıdır. Risale-i Nurlar Batı felsefesinin alternatif bir düşünce sistemi kurmuş ve Müslümanların önüne koymuştur. Ancak çeşitli sebeplerle Müslümanlar bu emsalsiz hazinenin farkında değildir. Daha somut şekilde ifade edecek olursak modern bilimleri tahsil eden bir Müslümanların, Risale-i Nurların bakış açısına sahip olmadıkları takdirde, Batı medeniyetinin yok edici etkisinden kurtulmaları mümkün değildir.

Risale-i Nurların Müslümanlar için vazgeçilmezliğini vurgularken, felsefe düşmanlığı da yapmamak lazım. Geçmişte felsefe düşmanlığı yapmanın zararını, bilim ve teknolojide geri kalarak fazlasıyla yaşadık. Risalelerde karşı olunana felsefenin ateist ve İslam’a uymayan kısımlarıdır. İslam felsefesi ya da hikmet, Müslümanlar için öğrenilmesi gereken disiplinlerdir. Esasında Risale-i Nurlar da bir İslam felsefesi ya da hikmet eserleri olarak düşünülebilir.

Risale-i Nurlar, bir İslam âliminin Batı felsefesine vermiş olduğu bir cevaptır. Bu bakış açısı ile okunduğunda Risalelerin felsefî görüşlere cevap teşkil ettiği açıkça görülür.

Risale-i Nurların diğer İslamî eserlerden farklı olduğu hemen anlaşılır. İlk defa Risale-i Nur okuyan biri bu farklılığı hemen fark eder. Bilinen ifadesi ile din ilimleri ve fen ilimlerini bir araya getiren bir düşünce yapısına sahip olması, Risale-i Nurların en temel farkıdır. Bu sadece Bediüzzaman Said Nursî’nin din ilimleri kadar fen bilimlerine de önem veriyor olması demek değildir. Batı düşüncesinde klasik mantığın yerini modern mantığın ve tümdengelimin yerini tümevarımın almasında olduğu gibi, Risale-i Nurlarda da modern mantık ve tümevarım düşünce yöntemi öne çıkarılmıştır. Diğer İslamî eserlerde iman esasları, tümdengelim yöntemi kullanılarak akla dayalı çıkarımlarla ispat edilmeye çalışılmıştır. Risale-i Nurlarda ise tümevarım yöntemi ağırlıklı olarak kullanılmış, zihin dünyasından çıkıp varlığın kendisiyle yüzleşilmiş, atomdan güneş sistemine, çekirdekten çınara, gülden bülbüle her bir varlıktan Yaratıcı’ya ulaştıran deliller bulunmuştur. İşte bu düşünme sistemi Risale-i Nurları diğer İslamî kitaplardan ayıran en önemli farklardan birisidir.

Batı düşüncesi ile karşılaşan diğer İslam âlimleri de değerli eserler kaleme almışlardır. Ancak Risale-i Nurların onlardan farkı, Batı felsefesinin hakikat tasavvuruna alternatif olacak şekilde İslamî ve küllî bir hakikat tasavvuru geliştirmiş olmasıdır. Hakikat tasavvuru ya da düşüncesi, varlığın kendisine dayandığı gerçekliktir. Bazı filozoflar hakikat tasavvurunu varlığın dışında bir âlemde aramış, bazıları varlığın içinde aramış, bazıları ise varlığın kendisine dayandığı bir hakikat, bir gerçeklik yoktur, sadece madde vardır demişlerdir. Diğer İslamî eserlerde klasik mantık ve tümdengelim yöntemi kullanıldığı için, varlığın dışında hakikat tasavvuru olduğu kabul edilmiştir. Risale-i Nurlarda ise “Allah’a giden yollar, mahlukatın nefesleri sayısı kadardır” prensibi gereği her varlıkta hakikat güneşinin ışığı aranmış ve bulunmuştur.

Risale-i Nurların düşünce sistemi küllîdir, yani Yaratıcı (Allah cc), varlık ve insanı bütün olarak incelemekte, dinî ilimleri ve diğer ilimleri (fen, sosyal bilimler vs) kapsamaktadır. Bu açıdan Risale-i Nur, metafizik meselelerde klasik mantığın temel akıl yürütme yöntemi olan tümevarımı kullanmaktadır. Böylece Risale-i Nurlarda tümevarım, tümdengelim ve örnekleme yöntemleri birlikte kullanılmış olmaktadır.

Sonuç olarak Risaleler İslam dininin, kültürünün, medeniyetinin, medrese geleneğinin Batı medeniyetine hakkıyla ve ilmî olarak meydan okumasıdır. Bu meydan okuma kuru sözden ibaret değildir, içi doludur, din ve ilimle yoğrulmuştur, çağın gereklerine uygundur, Müslümanlar için vazgeçilmezdir, yeri doldurulamazdır, alternatifsizdir, Müslümanların ilim seviyesi müellifinin ve çağın ilim seviyesini yakalayamadığı için bâkirdir, anlaşılması için Müslümanların ilimle olan asırları bulan ayrılıklarını bitirmelerini beklemektedir.