Sen Sungur’un babasısın.”
Bediüzzaman, hayret ifadeleriyle birkaç sefer tekrarladığı bu sözlerle karşıladı Sungur’un babasını. Aydın taraflarında imamlık yapan Mehmed Efendi de onun bu iltifatına elini öperek mukabele etti.
“Hocam, ben Mustafa’dan şikâyetçiyim.” diyerek söze başladı, sorduğu birkaç sorunun cevabını aldıktan sonra. Ardından, ona Aydın taraflarında beraber pamukçuluk yapmayı teklif ettiği hâlde onun kendisini dinlemediğinden yakındı.
Said Nursî, ebeveynlerin evlat üzerindeki haklarını anlatarak onun hislerini teskin etti. Sungur’a da, babası ile birlikte Aydın’a giderek bir süre kalıp gönlünü alması gerektiğini söyledi.
Sungur’un, söylediklerini dikkatle dinlemekle birlikte, yapmak hususunda kalben mutmain olmadığını hissedince, hizmet-i Kur’âniyenin ehemmiyetini anlatan bir ders yapıp annesinin ve çocuklarının onu kendisine vakfettiklerini hatırlattı.
“Alâküllihâl baban da seni bana vakfetmesi lâzım geliyor.” dedi.
Bu ifadeleri, çok yakında gerçekleşecek bir müjde olarak kabul eden Sungur, babası ile birlikte Aydın’a giderken ona Nur hizmetinin ehemmiyetini anlattı, bu hususta Üstada yardım etmenin lüzumunu izah etti ve kendisini ona vakfetmesini istedi.
Bediüzzaman’ın talimatı üzerine önce İzmir’e, oradan da İstanbul’a gidecek olan Sungur yanından ayrıldıktan sonra uzun uzun onun anlattıklarını düşünen ve isteğini haklı bulan Mehmed Efendi Isparta’ya geldi.
Maksadı, Said Nursî’ye oğlunu vakfettiğini söylemekti. Onun Emirdağ’a gittiğini öğrenince Sungur’a oradaki teybi açmasını söyledi. O teybi açıp mikrofonu verince güzel bir aşr-i şerif okuduktan sonra “Üstadım, efendim hazretleri. Mustafa’yı ebediyen sana vakfediyorum. Hiçbir hakkım yoktur.” diyerek ona mesaj bıraktı.
Ardından Emirdağ’a giderek ziyaret etti. Ondan, Ege’deki işinin olduğunun müjdesini alınca gidip imamlığa başladı. Sungur’un verdiği risaleleri okuyup anlamaya ve anlatmaya çalıştı. Bu yüzden ihbar edilip bazı sıkıntılara maruz kaldı ise de irtibatını kesmedi.
Said Nursî de Sungur’a “Şimdi sen babanla, aynen Nazif Çelebi ve Selâhaddin gibi, Mehmed Çalışkan’la Ceylân gibi oldun.” diyerek babasının hizmetlerinin makbul olduğunu ifade etti. Bu müjdeyi de alan Sungur, kendisini tamamen Risale-i Nur hizmetine verdi ve konuştuğu zaman risalelerden söz etmeye, bir yere gideceğinde de Üstadından emir almaya başladı.
Bediüzzaman, onun ihlas ve sadakatinden emin olduktan sonra daha önce yazdığı vasiyetnamelerinde varisi olarak tavsif ettiği talebelerinin arasına onun ismini de ekledi ve “İhtar var. Size Arapça’yı öğreteceğim, yarından itibaren Mesnevî-i Nuriye’den ders vereceğim” dediği Zübeyir, Ceylân, Tahirî, Bayram, Hüsnü gibi hayatının Üçüncü Said safhasının talebeleri arasına onu da dahil etti.
Üçüncü Said’in en bariz vasıflarından biri, memlekette yaşanan içtimaî gelişmeleri takip edip siyasî işleyişe yön vermeye çalışması idi. Bu faaliyetlerin merkezi Ankara olduğundan  orada Nur camiası adına o işleri takip edecek bir Nur Talebesine ihtiyaç vardı.
Bediüzzaman, daha önce İstanbul’da Eşref Edip’le, Av. Mihri Belli ile bazı görüşmeler yapan ve Diyanet İşleri Başkanı Ahmet Hamdi Efendiye iki takım Külliyat ile mektubu götüren Sungur’u Ankara’ya göndermek istiyordu. Sungur ise, kendisine verilen haricî vazifeleri hakkı ile ifa etse de Üstadının yanında kalmak ve münhasıran ona hizmet etmek istiyor, bu arzusunu da her vesile ile dile getiriyordu.
“Sungur, benim yanımda hizmet gümüşse, Ankara’daki hizmet altındır.”
Said Nursî’nin bu sözü, Sungur’un bütün şahsî arzularını dizginlemesine yetti. Üstadının her sözünü emir telakki ettiğinden hemen Ankara’ya gitti, küçük bir ev kiralayıp Nur medresesi olarak tanzim etti.
Kendisine o günlerde gönderildi Said Nursî’nin, hakkında yapılan ithamlara ve iftiralara cevap vermek maksadıyla yazdığı yazı. O da yazıyı çoğaltıp mebuslara, bazı devlet adamlarına, hükümet yetkililerine ve cemiyetin önde gelen kişilerine dağıttı. 
Bununla iktifa etmedi, uygun görüldüğü takdirde yayınlanması ricasıyla Ankara’da ve Anadolu’nun bazı şehirlerinde neşredilen mahallî gazetelerin, dergilerin sahipleri ile yazı işleri müdürlerine de gönderdi.
Samsun’da münteşir Büyük Cihad gazetesi, hükümetin siyasî baskılarının ‘En Büyük İsbatı’ olarak önce bu yazıyı yayınladı, ardından da Bediüzzaman’a yapılan keyfî muameleleri nazara verdi.
Bu yayın üzerine harekete geçen Samsun Savcılığı, Said Nursî ve o gazete aleyhine dava açtı. Gazetenin yazı işleri müdürü tutuklandı. Mustafa Sungur yazıyı gazeteye kendisinin gönderdiğini ifade eden bir dilekçe vermesine, gazete de bu dilekçeyi yayınlamasına rağmen Said Nursî de ifade vermek üzere Samsun Adliyesi’ne celb edildi.
Bediüzzaman mahkemeye, Emirdağ’dan Samsun’a gelemeyeceğine dair doktor raporu gönderdiği hâlde mahkeme, Ankara’dan gelen emir üzerine raporu kabul etmeyince o da deniz yolu ile Samsun’a gitmeyi düşünerek İstanbul’a geldi.
İstanbul’daki Guraba Hastahanesi’nden ona karadan, denizden ve havadan Samsun’a gidemeyeceğine dair heyet raporu verildi. Savcının, Said Nursî’nin getirilmesi talebini mahkeme reddedince ifadesi İstanbul’da alınıp gönderildi.
O günlerde vuku bulan ve gazeteci Ahmed Emin Yalman’ın yaralanmasına sebep olan Malatya Hadisesi’nin de tesiriyle gazetede yapılan arama sırasında Mustafa Sungur’un mektupları ele geçirilince Ankara’da tevkif edildi. Bir ay kadar Ankara Hapishânesi’nde tutulduktan sonra Samsun’a getirilerek hapsedildi. 
Samsun Hapishanesi’nin ağır şartları onun hayatında hiçbir değişiklik yapmadı. Orada da bazı mahkumlarla birlikte namaz kılıp risale okuyarak ibadetlerine ve hizmetlerine aynı şekilde devam etti. Sadece, istediği zaman gidip Üstadına hizmet edememek gibi bir sıkıntısı vardı.
O hissini, “Size hakikî şakirt olamamaktan gelen elemim var. Acaba Risale-i Nur’un hakikî talebeliği ile kederlerden tasaffi etmiş ve eneden uzaklaşmış siz sevgili Üstadımızın tabiri ile, bir buz parçası hükmündeki enaniyetini havz-ı Nurda eritebilmiş ve bu suretle tasavvurunda hayalin bile aciz kaldığı muazzam Risale-i Nur’un şahs-ı mânevîsinin şerefi ile ve makamı ile müftehir olmayı ve ona tam şakirt olmayı ve o saadete tam girmeyi acaba Rahim-i Mutlak bana da ihsan edecek mi?”4 gibi ifadelerin yer aldığı mektuplar yazarak telafi etmeye çalıştı.
Samsun Hapishanesi’ndeki koğuş arkadaşı, ‘İslâm’a bütün zerratı ile bağlı, temiz kalpli cesur bir insan olan Büyük Cihad gazetesinin yazı işleri müdürü Hüseyin Yücel’di. Bediüzzaman’ın “Ben onun ruhuyla anlaşma yaptım. Hapisteki her bir saatini bir ay risale yazmış gibi kabul ettim” dilerek fedakârlığını takdir ettiği o insanla on bir ay birlikte kaldı.
Tahliye edildikten sonra memleketine gidip biraz kaldı. Said Nursî; Zübeyir, Bayram ve Ceylân’la birlikte Isparta’da kiraladığı evde ikamet ettiği için Sungur da oraya gitti. Hapishanede çok eziyet çektiği için Üstad onu “Sana eziyet eden o savcı tokat yiyecek.” diyerek teselli etti.
Bir süre sonra savcının İzmir başsavcılığına tayin edildiğini öğrenince şaşırdı. 1956 yılında askerlik hizmetini yapmak üzere yedek subay olarak Samsun’a gittiğinde, Ağır Ceza Reisi İsmail Hakkı Beye Üstadın selâmını söyledi. Ondan, kendilerine baskı emrinin Adalet Bakanı Şevki Çiçekdağ’dan geldiğini, onun da bir trafik kazasında feci şekilde öldüğünü öğrenince tokadı, müstahak olanın yediğini anladı. 
Sungur, tekrar Ankara’ya gönderileceğini zannediyordu ama Bediüzzaman onu yanından pek ayırmadı. Kendisi adına yapılacak resmî görüşmelere ve içtimaî münasebetlere genellikle onu gönderdi.
Risale-i Nurlar Ankara’da Lâtin harfleri ile neşredilmeye başlanınca hem resmî muameleleri takip etmek, hem de tashih edilecek formaları getirip götürmek için Ankara’ya daha sık gidip gelmeye başladı.
Said Nursî, 1958 yılında Nazilli’de Nurcuların risale okurken yakalanmaları üzerine bazı gazetelerde koparılan asılsız yaygaralara cevap vermelerini istemesi üzerine, bazı  talebelerinin yazdığı yazının altında Tahirî, Zübeyir, Ceylân, Bayram ve Rüştü ile birlikte onun da imzası vardı.
O yazının teksir edilerek dağıtılması üzerine Ankara Cumhuriyet Başsavcısı’nın başlattığı tevkif furyası sırasında o da yakalanıp kelepçelenerek Ankara’ya getirildi. Yaptığı latif nüktelerle ve anlattığı nezih fıkralarla hapishanede arkadaşlarının neşe kaynağı oldu.
Bediüzzaman Said Nursî’yi ve Risale-i Nur’u o vesile ile tanıyan Avukat Bekir Berk’in  müdafaası neticesinde tahliye edilince yine Eflâni üzerinden Isparta’ya döndü. Üstadının bazı seyahatlerine eşlik etti, gönderdiği yere gitti, emrettiği hizmetleri yaptı.     
O da diğer saf-ı evveller, erkânlar, hassü’l haslar gibi Said Nursî’nin etrafında hâlelenerek vefatına kadar yanından pek ayrılmadı. Onun verdiği "Fenâ-finnur" sıfatı da asıl ondan sonra tezahür etmeye başladı.

“BEN SUNGUR’U RUSYA’YA, TİFLİS’E GÖNDERECEĞİM”
Bediüzzaman Said Nursî böyle demişti, Samsun savcılığının talebi üzerine deniz yolu ile oraya gitmek üzere Emirdağ’dan İstanbul’a geldiğinde. O zaman Mustafa Sungur, Samsun Hapishanesi’nde idi. Orada on bir ay yattırtan sonra berat edip tahliye olmuş ve Üstadının yanına gelerek hizmetlerine devam etmişti. Üç sene sonra askerliğini Samsun’da yapmış, terhis olunca da Isparta’ya dönmüştü. Bediüzzaman onun askerliğini Samsun’da yaptığını öğrenince, “Ben seni Rusya’ya göndereceğim demiştim, demek bu mânâ imiş.”5 diye latife ederek karşılamıştı.
Samsun’un Karadeniz Bölgesinde bulunmasını, Karadeniz’in de Rusya ile Türkiye arasında sınır olmasını nazara alan Mustafa Sungur da o sözü hatırladıkça Üstadının, bu komşuluk münasebetini hatırlatarak kendisini taltif etmek istediğini düşünmüştü.
Çünkü o zaman Rusya, Sovyet Sosyalist Cumhuriyetleri Birliği adı altında dünyanın üçte birini istila edip insanlığı küfrün karanlığında boğmaya çalışan zalim, kanlı bir rejim olan Komünizmin mümessili idi ve Demir Perde tabir edilen o ülkelere girip iman mücadelesi vermek neredeyse imkansız gibiydi.
Onun için Sungur, Bediüzzaman’ın mekzur latifesinin istikbale ait bir tavzif olabileceğini pek düşünmediğinden o hayattayken her sözünü hatırladığı, her hatırasını hafızasına kaydettiği ve her vesile ile bunları nazara verdiği hâlde, o sözü pek medar-ı bahs etmedi.