Bu canlıların çoğunun insana bir zararı olmadığı gibi pek çok faydası bulunmaktadır. Bağırsak florası denildiği zaman, sindirim sisteminde yaşayan ve konak organizmanın sindirimiyle ilgili çeşitli faydalı işlevleri olan mikroorganizmalar kastedilmektedir.

Sağlıklı bir insanda bağırsak florasındaki bakterilerin % 98’i faydalı olup yediğimiz besinlerdeki proteinleri aminoasitlere, karbonhidratları disakkaritlere ve yağları da yağ asitlerine çevirirler. Bakteriler kalın bağırsaktaki floranın çoğunu; dışkının da % 60’ını meydana getirirler. 

İnsanlar bağırsak florası olmadan yaşayabilseler de, bağırsak florasının, kullanılmayan maddeleri fermantasyon ile kullanılır maddelere dönüştürmek, bağışıklık sistemini eğitmek ve zararlı organizmaların büyümesini engellemek gibi yararlı işlevleri vardır. Ancak bazı bağırsak mikroorganizmaları hastalık da yapabilir.

Ayrıca bağırsak mukozasında enflamasyon oluşumunu engellemek, cilt hastalıklarının oluşumunu azaltmak, daha duru bir bedene sahip olmak, kişinin bağışıklık sistemini güçlendirmek, karaciğere gidecek ve onun yükünü arttıracak olan patojen mikroorganizmaları önceden elimine etmek, bağışıklık sisteminin yalnızca patojenlere cevap vermesini sağlamak ve bazı hastalıklara karşı korumak da bu görevler arasında sayılabilir.

Tehlikeli olan organizmalardan korunmak için vücut içerisinde mükemmel işleyen sistemler yaratılmıştır. Meselâ deri hücrelerinde bulunan keratin maddesi, bakteri ve mantarlar için aşılması çok zor bir engel meydana getirir. Deri üzerine gelen yabancı canlılar bu duvarı aşıp içeri giremezler. Dahası keratin ihtiva eden dış deri sürekli dökülür ve alttan gelen deri ile tazelenir. Böylece deri arasına sıkışan istenmeyen mikro canlılar derinin bu içten dışa doğru yenilenme hareketi sayesinde ölü deri ile birlikte vücuttan uzaklaştırılırlar. Düşmanın içeri girmesi ise ancak deri üzerinde açılan bir yara ile mümkün olabilir.

Ramazan ayında oruç sırasında bağırsaklarımız dinlenme fırsatı bulur ve bakteri dengesi yenilenir. Ancak günümüzde bağırsak florasını bozan gıdalar her yerde karşımıza çıkıyor. Bunların başında gıda katkı maddeleri ve früktoz geliyor. Bu zararlı maddeler bağırsaklarımızda faydalı bakterileri hızla azaltır. Bu sebeple oruç tutarken özellikle sahurda probiyotik almak hem sindirim sistemi problemlerine hem de bağırsak florasına iyi gelir.