Özellikle GDO teknolojisinin yeterli araştırma yapılmadan gıda üretiminde kullanılması büyük şüphelere yol açmış, ticarî kazancın çok olması güvenirliğini bertaraf etmiştir. Biyoteknoloji karşıtları bu ürünlerin toksik etki ve alerji yaptığını, kansere sebep olduğunu hatta kısırlık yaptığını, antibiyotiklere direnç kazanıldığını vs savunmaktadırlar. GDO teknolojisini savunan bazı ilim adamları ise bu iddiaları dayanağı olmayan, tamamen halkı bu teknolojiden soğutmaya yönelik propaganda taktiklerinin bir parçası görmektedir.

GDO’lu gıdaları savunan ilim adamları insanın sindirim sisteminin alınan gıdaları en küçük yapıtaşına kadar parçaladığını ve her bünyenin bu yapıtaşlarını (amino asit, yağ asitleri, glikoz, mineral ve vitaminler) kullanarak kendine has yapısını inşa ettiğini söylemektedirler. Karşı çıkan ilim adamları ise bazı protein ve DNA parçalarının sindirimden kaçabildiğini, bunları vücudun tanımadığı için alerjilere, toksik olarak zehirlenmelere daha kötüsü gen aktarımının insanda da devam ederek neticesi belli olmayan problemlere yol açabileceğini iddia etmektedirler. Ancak her iki taraf da yeterli delil ve araştırma sonucu getirememektedir.

Buna rağmen GDO teknolojisiyle bazı aşı ve ilâçların üretilmesine olumlu bakılmıştır. Meselâ bir bakteriye yapılan gen nakli ile o bakterilere bol miktarda insülin ürettirilmesi binlerce şeker hastasının bu ilâca kolay ve ucuz ulaşmasına vesile olmuştur. Yine kanser ilâçlarının bir kısmının aynı şekilde üretilmesi ve bu konuda araştırmalara devam edilmesi sağlık açısından ümit vericidir.