Avukatı aracılığıyla basın açıklaması yapan Başbuğ, 2004 yılında Genelkurmay 2. Başkanı iken İsrail’e gerçekleştirdiği resmi ziyaret ile ilgili basında yer alan haberleri eleştirdi. Resmî programda Kudüs’teki ağlama duvarı ile Mescid-i Aksa’yı ziyaretin yer aldığını belirten Başbuğ, “Ev sahibinin yaptığı tekliflere uymak ve özellikle inançlarına karşı saygılı davranmak her şeyden önce bir nezaket ve insanlık kuralıdır.” açıklamasını yaptı. 12 Haziran 2008 günü Kudüs’teki ağlama duvarında çekilen fotoğrafların bir gazetede yayımlandığını belirten Başbuğ, “Osmanlı İmparatorluğu’nun zamanında tamir ettirerek koruduğu ağlama duvarını ziyaret esnasında Fatiha Sûresini okuyarak duâ ettik.” ifadesine yer verdi. Daha sonra da Mescid-i Aksa’yı ziyaret ettiklerini ifade eden Başbuğ, bu camide de dua ederken çekilmiş fotoğraflarının olduğunu ancak bu fotoğrafların görmezden gelindiğini ileri sürdü. Başbuğ, ‘boru’ ve ‘kâğıt parçası’ ifadelerine de açıklamada bulundu.