Fikrî ayrışma düşüncesiyle Said Nursî, yeni kurulan devletin yönünü tamamen Batılılaşma ve sekülerleşmeye çevirdiğini hissetmiştir. Kendisine sunulan makamları, bu yeni sistemin içerisinde bir “siyasî figür” haline gelmek olarak görmüş ve bunu asıl gayesi olan iman hizmetine aykırı bulmuştur.

“Eski Said”den “Yeni Said”e geçiş: Yani bu dönem, onun kendi ifadesiyle “Eski Said” (siyaset yoluyla toplumu düzeltme çabası) döneminden “Yeni Said” (sadece iman ve Kur’an hakikatlerine odaklanma) dönemine geçişinin zirvesidir. Dünyevî makamların, bu manevî dönüşüme engel olacağını düşünmüştür.

Bir de bağımsızlık arzusu düşüncesi ile bir devlet memuru veya siyasetçi olarak hareket etmenin, söyleyeceği hakikatleri kısıtlayacağını öngörmüş olabilir. Meclisteki beyanname olayı sonrası, yapılan teklifleri (milletvekilliği, Şark Umum Vaizliği ve Diyanet’teki önemli görevleri vb.) reddederek Van’a çekilmesi, bir nevi “inziva” ve “hazırlık” dönemidir. Erek Dağı’ndaki mağarada yapmayı planladıkları şunlardı.

Zihnî ve ruhî arınma: Said Nursî, toplumun içine düştüğü manevî buhranın siyasetle değil, kalplerin ve zihinlerin tamiriyle (imanın kuvvetlenmesi) düzeleceğine karar vermiştir. Mağara dönemi, bu tamirin teorik altyapısını kurma sürecidir.

Medresetüzzehra ideali: En büyük hayali olan, din ilimleri ile fen ilimlerinin birlikte okutulacağı Medresetüzzehra üniversitesini kurma çalışmalarına mahallî seviyede devam etmek istemiştir.

O dönemde yaşanan siyasî çalkantılardan ve isyan fikirlerinden uzak durarak, tamamen insanların iç dünyasına hitap edecek bir yöntem geliştirmeyi hedeflemiştir. 

Ancak bu inzivası, kısa süre sonra Şeyh Said Hadisesi sonrası patlak veren sürgünlerle kesilecek ve bu durum Risale-i Nur Külliyatı’nın yazılacağı Isparta yıllarının kapısını açacaktır. Dağ ve mağaranın zor ve çetin şartlarından daha rahat bir yer olan ücra bir köyde (Barla) bu inziva gerçekleşecektir.

“Dünyevî rütbeler, bâkî hakikatlerin yanında cam parçaları hükmündedir.” anlayışı, onun o günkü tavrını en iyi özetleyen yaklaşımdır.

Said Nursî’nin hayatındaki bu keskin dönüşüm, sadece bir mekân değişikliği değil, bir metot ve kimlik değişikliğidir. Ankara’daki meclis atmosferinden Van’daki mağara sessizliğine uzanan bu yolculukta, “Eski Said” ile “Yeni Said” arasındaki farklar eserlerine ve hayat tarzına doğrudan yansımıştır.