Shanahan programın, uçuşların maliyeti ve yedek parça açısından sorunlu olduğunu belirtti. ABD Savunma Bakan vekili Patrick Shanahan bu açıklamaları, hakkındaki etik kurul soruşturması kapsamında müfettişlere verdiği ifadede yaptı.  Shanahan bu açıklamaları yaparken “muhteşem” olarak tanımladığı savaş uçağını değil, programın genelini kasettiğini belirtti.  Soruşturma daha önce yönetici olarak çalıştığı Boeing firmasını, F-35’lerin ana üreticisi Lockheed Martin karşısında kayırdığı iddiasıyla başlatılmıştı.  Shanahan soruşturmanın sonunda aklandı. Komisyon ayrıca Shanahan’ın F-35 programıyla ilgili sözlerinin “diğer üst düzey hükümet yetkililerinin açıklamalarıyla uyumlu olduğuna” karar verdi.  Shanahan’ın kaygıları, ABD Sayıştayı’nın yayımladığı raporda da yer aldı. Raporda Mayıs-Kasım 2018 döneminde F-35’lerin yaklaşık yüzde 30’unun yedek parça sorunu nedeniyle uçamadığı belirtildi.