1999 yılında pazara sunulan ve kazandığı popülarite ile markanın büyüme stratejisinde büyük rol oynayan 3 milyonuncu Fabia beyaz renkte ve Greenline teknolojisine haiz motora sahip. 1999 yılında üretilen ilk modeli 1.788.063, yenilenen ikinci versiyonu 1.211.937 adet üretildi. Halen satışı devam eden ve 2010 yılında kapsamlı bir facelift geçiren 3. nesil Fabia’dan 2011 yılında toplam 267 binden fazla satıldı. Skoda’nın en başarılı modelleri arasında gösterilen Fabia’nın 3 milyonuncusu Almanya’daki bir müşteri tarafından sipariş edildi. Dünya pazarlarında toplam 103 ülkede satışı süren Fabia, Hatchback ve Kombi olarak iki versiyonda satışa sunuldu.