Din ile bilimin barıştığı ve doğru öğretildiğinde hayat anlam kazanır, insanlık terakki eder. İnsan, ilim öğrenmeden önce neyi ve nasıl öğrenmeli konusunu yani usûl ilmini öğrenmelidir. Risaleler anlaşılsın, insanlar doğru muhakeme etsin diye Bediüzzaman önce Muhakemat gibi kitapları yazdı. Usûl bilmeden ilim öğrenmek isteyen kişinin durumu, her eşyadan birer uzuv toplayarak acayip hayali bir şey yapması gibidir. İslâm âlemindeki ihtilâfların kaynağı usûlsüzlüktür. Usûl ilminden sonra varlık ilmini öğrenmeli. Varlıklar Allah’ın isimleridir, talimi esma ile bunları öğrenmek kadın ve erkekler üzerine farzdır. Allah’ı isimleri ile tanıyabiliriz, bu da ancak fenlerle olur.

İslâm’dan önceki ilim kaynağı falcılık ve kâhinlikti. Kur’ân böyle bir topluma indi ve ilmin tek kaynağının vahiy olduğunu söyledi. Bazı kişiler, özel keşif ve ilhamları bilgi olarak kabul ediyor, Bediüzzaman bunların bilginin kaynağı olarak görmüyor. Vahiy, umumî, kâinatın içindeki bilinç, somut olan varlıkların (arı, karınca ve çiçek gibi şeyler Allah’ın isimlerinin tecellileridir) yani fen bilimlerinin verileri gibidir. Allah’ın kâinatta yarattığı düzene Sünnetullah denir, bu da fenlerle bilinir. Peygamberlerin sünnetleri, Sünnetullahı anlamak için basamaklardır. Bazı dindarlar ve hocalar Arapça kelimeleri Allah’ın gerçek isimleri sanıyor, bunları öğrenmenin ilim olduğunu düşünüyorlar. Şafi ve Mukaddir gibi kelimelerin tecellilerini bilmek de önemlidir.

Kur’ân ininceye kadar, insanlık gelişimini belli bir noktaya çıkaramadığı için hiçbir yerde fen ilmi yoktu, yalnız Yunan felsefesinde biraz vardı, fakat bu felsefenin büyük bir kısmı hurafe olduğundan o zamanın âlimleri bunun öğrenilmesini uygun bulmadı. O zamanlar fenler felsefe içinde inceleniyordu. 

Hiçbir ilim birden meydana çıkmaz, Bediüzzaman’ın ifadesi ile fikirlerin birleşmesinden ilimler doğar. Yunan felsefesi de eski Mısır, Babil ve Sümer gibi kültürlerden etkilenmiştir. Her toplum belli bir vahşet döneminden sonra inanç silsilesini izleyerek felsefe ve pozitif ilimlere ulaşır. İnsanlar kâinattaki varlıkların çeşitleri üzerinde düşünmeli, neden ve nasılları araştırılmalıdır. Allah bir olduğuna göre bütün ilimler de O’nundur, ilmi, fenni veya dini diye ayırmak doğru değildir.

Kur’ân ve diğer kutsal hitapların dili kolaydır ve bunlar anlaşılsın diye indi. Kur’ân’da pek çok manaya gelen müteşabih âyetler de vardır. Genelde bu gibi âyetlerde mana, ilk akla gelen değil de daha derinlerdeki manalardır. Çoğu dindarlar hatta âlimler, fen, usûl ve yorum ilmini bilmediğinden bu gibi âyetlere mana verirken yanlışa düşebiliyorlar. İlim, hür toplumlarda gelişir, despot ve sefalet içindeki toplumlarda ilim olmaz.