Geri kalmanın en önemli dahili sebeplerden biri olan cehaletin izalesi için çözüm olarak Bediüzzaman tarafından sunulan marifet; irfan kökünden gelen, lügati anlamı bilmek, tanımak, ikrar etmek olan ve ilimden daha farklı özel ve ayrıntılı bilgileri ifade eden bir kavramdır. Cehalet; detaylı, ihtisası ihtiva eden ve yakini hale gelen bilgi ve becerilerin oluşturduğu marifet ile izale edilebilir. Marifetin en değerlisi de isim, sıfat ve şuunatıyla Allah’ı bilmek, tanımak olan marifetullahtır.

Tarih boyunca akademiler ve medreseler cehaletin izalesi ve toplumun aydınlanması için çok önemli görevler üstlenmiştir. Bu alanlar cazibe merkezi olarak ilim adamlarını kendilerine çekmiş, bilimsel ve teknolojik gelişmelerde kuluçka görevini yerine getirmiştir.

İslamiyet öncesinde Ortadoğu coğrafyasında İskenderiyye Akademisi ve sonrasında İran topraklarında Cundişapur’da kurulan enstitü, ilmi çalışmalarda önemli merkezler olmuşlardır. Bu merkezler, antik Yunan felsefe ve bilim adamları ile birlikte Müslüman aydınlanmasına katkı sağlamışlardır. Emeviler döneminde Harran Üniversitesi ve Abbasi halifesi Memun tarafından hicri üçüncü asrın başında olgunlaştırılan Beytül Hikme, Selçuklular tarafından kurulan Nizamiyye medreseleri, İran Kum kentinde kurulan medreseler, Osmanlı devletinde Sultan Fatih tarafından kurulan Sahn-ı Seman medresesi, Sultan Süleyman zamanında Süleymaniye Medreseleri, Endülüs’te Kurtuba medresesi; Mısır’da kurulan El Ezher Üniversitesi belli başlı büyük ve derin izler bırakmış medreseler ve ilim yuvalarıdır.

İslam dünyasında hicri 5. asırdan sonra da, her ne kadar yeni medreseler kurulmuş ve bilim adamları yetişmiş olsa da “marifet “sonucunu verecek ve “ebna-i istikbal” denilebilecek dönemi oluşturma çalışmaları ne yazık ki çok zayıf kalmıştır. Bediüzzaman’ın “beş asırdır yattığınız yeter“ sitemi ve hicri beşinci asırdan 12. asra kadar olan zamanı “ebna-i mazi” nitelemesi tam da buna işaret etmektedir.

İnsaniyet-i kübra olan ve hakiki medeniyeti tazammun eden İslamiyetin, medeniyet-i hazıradan geri kalmasını Bediüzzaman iki sebebe bağlamaktadır. Bunlardan birincisi müstakilen üzerinde durulması gereken istibdat, diğeri mürşid-i umumi pozisyonunda birbirinin mütemmimi ve muavini olması gereken üç şubenin aralarındaki ihtilaf ve çatışmalardır. Düşünelim ki; farklı esmaların tecellisine mazhar olan insanların istidatlarına uygun olarak tedris ve terbiyesi ile muvazzaf kurumlar, kendi müfredatlarında yoğunlaşıp derinleşeceklerine birbirlerini techil, tenkis ve tekfir ederek enerjilerini tüketip sinerji oluşturamamışlardır. Bu üç şube ki; bunlar medreseler, mektepler ve tekkelerdir. Uyumlu ve birbirini destekleyen biçimde çalıştıklarında terakkinin sağlandığı tarihin şehadetindedir.

“Tebayün-ü efkar ve tehalüf-ü meşarib” olarak Bediüzzaman’ın teşhis ettiği bu sosyal hastalık, İslam ahlakının temelini sarsmış, milletin ittihadını inşikaka uğratmış, medeniyet yarışında İslam dünyasının geri kalmasına sebep olmuştur.

Bu problemin çözümünde mekteplerde dini ilimleri hakkıyla müfredata koymak, medreselerde eski hikmet yerine modern bilimlere yer vermek, tekkelerde ise alimleri istihdam etmek Bediüzzaman’ın tavsiyeleri arasındadır.

Ama onun asıl çözümü, bir medeniyet projesi olarak, İslam dünyasının merkezi konumunda olan Anadolu’nun doğusunda El-Ezher üniversitesinin bir benzerinin çok dilli, çok kültürlü versiyonunu hayata geçirmek ve din ilimleri ile fen bilimlerinin birlikte tedris edileceği 3 kampüslü bir üniversiteyi tesis etmekti. Medresetüzzehra adını verdiği bu üniversite ile üç şube olarak adlandırılan mektep, medrese ve tekkenin musalahalarını sağlayacak bir örnek oluşturmak ve bununla İslam dünyasının maküs talihini yenerek eğitimde bir tecdid hareketi yapmaktı.

Tüm bunlara dehrin hadisatı müsaade etmedi ama kader-i ilahi bu fiili ve kavli duayı Risale-i Nur’un telifi ve neşri ile kabul etti.