Kanalistanbul ve Yenişehir Projesi’nin su havzalarına yönelik etkileri raporda şöyle tespit edildi, “Kanal İstanbul olarak tanımlanan Su Yolu, Yenşehir Rezerv Alanları olarak tanımlanan Yenişehir Yapı Alanları ve yapımı tamamlanan 3’üncü Havalimanı projelerinin İstanbul Avrupa yakasının su ihtiyacını karşılayan su havzalarında önemli bir yıkıma neden olacağı görülüyor. 5461 kilometrekare olan İstanbul’un yüzölçümünün yüzde 46’sı su havzalarından oluşuyor. Kanal İstanbul, 3’üncü Havalimanı ve Yenişehir Yapı Alanları, kentin yaklaşık yüzde 7’si kadar bir alanı kaplıyor ve tamamı Avrupa yakası su havzalarını yok ediyor.  DSİ raporunda stratejik rezerv olan akiferlerin etkileneceği belirtilerek, Kırklareli akiferinin tuzlanacağı, dolayısı ile proje alanı dışında Trakya yeraltı sularının da olumsuz etkileneceği anlaşılıyor” Kanal İstanbul ve Yeni şehir yapı alanları, İstanbul Havalimanı, 3’üncü Köprü ile havzaların yapılaşmaya açılması nedeniyle şehrin su ihtiyacını karşılayacak alternatif proje olarak uzun yıllar planlanan Melen su sistemi de Melen Barajı’nın tamamlanamaması ve Melen havzasındaki yanlış politikalar nedeniyle çözüm olmaktan çok sorun olmaya devam ediyor.