Bediüzzaman Medresetü’z-Zehra üniversitesini, “din ilimleriyle fen ilimlerinin bir arada okutulacağı” bir medeniyet projesi olarak hayata geçirmiştir: “Vicdanın ziyası, ulûm-u dîniyedir. Aklın nuru, fünun-u medeniyedir. İkisinin imtizacıyla hakikat tecellî eder. O iki cenah ile talebenin himmeti pervaz eder. İftirak ettikleri vakit, birincisinde taassup, ikincisinde hile, şüphe tevellüd eder.” (Bediüzzaman, Münâzarât, s. 127)
Yani, “din ilimleri ile fen ilimleri” ayrıldığında ve bir arada okutulmadığında, yalnız din ilimleri okuyanlarda taassup, körü körüne inanma, yapışma; yalnız fen ilimleri okuyanlarda hile, şüphe, inkâr, vs. ortaya çıkar.
İşte Medresetü’z-Zehra projesi başta İslâm âlemi, Müslümanlar olmak üzere insanlığı kurtaracak muhteşem bir eğitim modelidir.
Misyonu da şöyle belirlenmiştir: İslâmiyete ve insaniyete hizmet. İslâmiyeti, onu paslandıran hikâyat ve İsrailiyat ve taassubat-ı barideden kurtarmak… Maarif-i cedideyi medarise sokmak için bir tarik ve ehl-i medresenin nefret etmeyeceği saf bir menba-ı fünun açmak Ehl-i medrese, ehl-i mekteb, ehl-i tekkenin musalâhalarıdır. En azından maksatta ittihatı sağlamak. Maarifi/eğitimi “Kürdistana” medrese kapısıyla sokmak.
Meşrûtiyet ve hürriyetin mehasinini göstermek. Kürt ve Türk ulemasının istikbalini sağlamak. Arabistan, Hindistan, İran, Kafkasya, Türkistan, Kürdistan’daki milletleri menfi ırkçılık ifsat etmesin. Felsefe fünunu ile ulum-ı diniye birbiriyle barışsın ve Avrupa medeniyeti İslâmiyet hakaikiyle tam müsalâha etsin. Anadolu’daki ehl-i mektep ve ehl-i medrese birbiriyle yardımcı olarak ittifak etsin.
Şimdi bize düşen vazife, gönüller üzerine kurulan ve dünyanın her tarafına yaygınlaştırılan Medresetü’z-Zehra üniversitesinden kaydımız silinmeden derslere muntazaman devam etmek, “müzakere, mütalâa, müdavele, münazara” ile aktif eğitimi sürdürmek ve herkesi teşvik ederek kaydetmek ve kendimize, ailemize, milletimize, İslâm âlemine ve insanlığa hizmet etmektir.