1909 yılı içinde cereyan eden 31 Mart Vakası olarak adlandırılan hadisede, İttihad ve Terakkîcilerin menfî propagandalarına maruz kalarak, Volkan gazetesinde yazdığı yazılardan dolayı Divan-ı Harb’e verilir. Yaptığı müdafaa sonucu beraat eder. “Zalimler için yaşasın Cehennem!” nidaları arasında, kalabalık bir grupla yürür.

1911 yılının kış aylarında Şam’a gider. Şam Emevî Camii’nde bir hutbe irad eder. Âlem-i İslâmın dert ve sıkıntılarının yanı sıra, huzur reçetelerini dile getirdiği bu hutbe, büyük bir dikkat ve heyecanla dinlenir ve daha sonra “Hutbe-i Şamiye” ismiyle kitaplaştırılır.

1914’lerde patlak veren Birinci Cihan Harbi’ne katılır. Talebeleriyle birlikte vatanı müdafaa ederek, düşmanlarla savaşır. Bu uğurda birçok yakınını ve talebelerini şehid verir. Doğu cephesinde, Van ve Bitlis’te çarpışır. Bitlis deresinde Ruslarla çarpışırken esir düşer. İki sene dört ay Kosturma’da esir kalır. Sonra oradan firar ederek Türkiye’ye döner.

Darü’l  Hikmeti’l İslamiyede: Said Nursî, Osmanlının en yüksek ilmî müessesesi olan Darü’l-Hikmeti’l İslâmiye azalığına seçilir. İstanbul’u işgal eden İngilizlere karşı etkili bir mücadele verir. Bu mücadelede ‘Hutuvât-ı Sitte’ adlı bir eser yazarak düşmanın planlarını bozar.