Sıra Ahrar ve İttihad-ı Muhammedî taraftarlarına gelmiştir, amaç Ahrar ve İttihad-ı Muhammedî (asm) taraftarlarını ezmektir. İstanbul Üniversitesi’nin ana binasında Hurşit Paşa başkanlığında Divan-ı Harp kurularak yargılamalar başlar. 1960’da “Sizi buraya tıkayan kuvvet böyle istiyor” diyen Salim Başol’un üstlendiği rolü, Divan-ı Harp’te Hurşit Paşa üstlenmişti. Amaç Ahrar ve İttihad-ı Muhammedî (asm) taraftarlarını ezerek ortadan kaldırmaktır. Perdenin arkasında ihtilâlci İttihad ve Terakki vardır. “Divan-ı Harb-i Örfî’de idam tehdidine karşı mahkemedeki paşaların suallerine beş para ehemmiyet vermediğim gibi, dört kumandanlara karşı bu tavrım tahakkümlere boyun eğmediğimi gösteriyor” diyor Bediüzzaman. (Emirdağ Lâhikası) Burada kastedilen dört komutanın biri Divan-ı Harp’teki Hurşit Paşa’dır. Hurşit Paşa başkanlığındaki mahkeme tarafından verilen on beş civarındaki idam kararı hemen infaz edilir. Yargılanan insanların yüzleri darağacında asılan insanlara dönük olduğu için asılanları pencereden görürler. Amaç yargılanan insanları psikolojik olarak etkileyerek tesir altında bırakmaktır. Bu husus bile mahkemenin ne kadar tarafgir ve düşmanca tavırlar içinde olduğunu açık bir şekilde göstermeye yeter. 

31 Mart öncesinde Bediüzzaman Said Nursî Hazretleri olayları bastırmak için çok yoğun gayret sarf etmiştir ve verdiği hizmetler ortada. 31 Mart hareketinin olmasında onun yakından uzaktan hiçbir ilgisi yoktur. Askerleri, ulema sınıfını, talebeyi, hamalları ve halkı yatıştırmak için çok yoğun gayret sarf eder, gazetelerde yazdığı makale ve yaptığı ateşli konuşmalar ile fitne ateşini söndürmek istemiştir. Çünkü feraseti ile olayların sonucunu görür. Bediüzzaman olayları bastırmak için yaptıklarını mahkeme heyetine anlatır. Yaptığı bu savunma “İki Mekteb-i Musîbetin Şahadetnamesi veyahut Divan-ı Harb-i Örfî” adlı eserinde mevcuttur. Ama İttihad ve Terakki’deki onun hasmı ve düşmanı olan mason, dinsiz ve farmason kimseler bunları görmemezlikten gelerek onu ezmek ve vücudunu ortadan kaldırmak istiyorlardı. Bu sebeple Hareket Ordusu kumandanı Mahmut Şevket Paşa nezdinde iftira ve yalan girişimler ile onu yargılamak için Hurşit Paşa başkanlığındaki mahkemeye sevk ettiler. Bu olay süfyanizmin ayak sesleridir. Bediüzzaman bir anda kendisini fikren Süfyanizmle mücadele içinde bulur. 

Bediüzzaman muhafızlar tarafından Divan-ı Harb’e getirilerek sorgulanır. Ama karşılarına sert bir kaya olan Bediüzzaman Said Nursî çıkmıştır. “Yaşasın mevt! Zaimler için de yaşasın Cehennem! Ben zaten bir zemin istiyordum ki, efkârımı onda beyan edeyim. Şimdi bu Divan-ı Harb-i Örfî iyi bir zemin oldu.” (Divan-ı Harb-i Örfî s. 19) Bediüzzaman bu cümleler ile hiçbir korkusunun olmadığını mahkeme heyetine beyan eder. Ona sorarlar “Sen de şeriat istemişsin.”  Bediüzzaman mahkeme heyetine “Şeriatın bir hakikatine bin ruhum olsa feda etmeye hazırım. Zira şeriat sebebi saadet ve adalet-i mahz ve fazilettir. Fakat ihtilâlcilerin isteyişi gibi değil.”  “Sen de İttihad-ı Muhammedî’ye dâhil misin?” sorusuna ise “Maaliftihar… Ve o ittihaddan olmayan dinsizlerden başka kimdir? Bana gösterin” diyerek mahkeme heyetini susturur. (Divan-ı Harb-i Örfî s. 19) 

Bu minval üzere çok ateşli bir şekilde devam eden savunma üzerine Bediüzzaman Ahrar ve İttihad-ı Muhammedî (asm) taraftarlarını ezmek için kurulan taraflı bir mahkemeden yargılama sonucunda beraat eder.  Bu beraat kararı Bediüzzaman’dan sonra yargılanan birçok masum insanın da idamdan kurtulmasına vesile olur. Bu olay Bediüzzaman’ın 31 Mart isyan hareketine katılmadığının belgesi ve aynı zamanda hakkın tezahürüdür, oynanan oyun da böylelikle bozulmuştur. Burada hıfz ve inayet açıkça görülür. Bediüzzaman isyancıları tasvip etmediği gibi, 31 olayını tertipleyenleri de tasvip etmeyerek karşı çıkar.

Beraat kararından sonra Bediüzzaman mahkemeye teşekkür etmeyerek, Bayezid’den Sultanahmet’e kadar kalabalık bir halk kitlesi ile birlikte, ‘Zalimler için yaşasın Cehennem! Zalimler için yaşasın Cehennem!’ nidalarıyla ilerlemiştir.” (Tarihçe-i Hayat) Beraat ve tahliye o günkü 24 Mayıs 1909 tarihli Tanin Gazetesi’nin nüshasında yer almıştır. Bediüzzaman hakkındaki ihbarın yanlış olduğundan bahsedilerek, bilâkis Meşrûtiyetin tesisine hizmet ettiğinden dolayı beraat verilerek tahliye edildiği belirtilir. Buradan Bediüzzaman’ın 31 Mart hadisesi dolayısıyla 23 gün tutuklu kaldığı anlaşılıyor.

Bediüzzaman yaşadığı süre zarfında hiçbir zaman hak ve hakikatten taviz vermemiş; ihtiyaç olduğunda din, iman, Kur’ân ve şeriatı en kâmil manada savunmuştur. Bu savunma esnasında da hapis, sürgün, ölüm ve darağacı onun dünyasında hiçbir zaman olmamıştır, tamamen kadere teslim olarak tevekkül etmiştir.