Doğu Türkistan tarih boyunca çok uluslu etnik, dinî, sosyal yapıların yaşadığı coğrafyadır. 1678’de Dzungharia (Zungaria)’daki Kalmuk Moğolları”nın yardımıyla Ak Dağlık Hoca Hadrat Apak, rakiplerini yenerek Kaşkar’da İslâmî bir teokratik devlet kurmuştu. Elbette bu devletin kurulması ise, Çin-Mançu otoritesine meydan okumaydı.
17. Yüzyılda Dzungharia (Zungaria) Moğollar’ın hâkimiyeti altındaydı. Çin-Mançu yönetimi tarafından Sincan’ın Tarım adlı bölgesi “İslâmî veya Müslüman saha” olarak isimlendirildi. Daha sonra Çin, Dzungharia (Zungaria)’yı 1757’de kendi topraklarına kattı. Çin, bölgede kontrolünü sağlamlaştırmak için Tarım ve Kansu gibi yerleşim yerlerini, Çin’in diğer kesimlerinden getirdiği Altay halklarını yerleştirdi. Bununla birlikte Kaşgar da 1759’da Çin egemenliğine alınarak İslâm veya Müslüman alan şeklinde tanımlandı. Böylelikle Çin, Müslüman varlığını resmen tanımış olmaktaydı.
Çin ordularının Doğu Türkistan’a geldiği 1755’ten, Yakup Bey’in birlik sağladığı 1865’e kadar geçen 110 yıllık süreye “Birinci Çin İstilâsı Dönemi” denilmektedir. Ancak Çinliler bu kadar uzun zaman zarfında istilâyı tam manasıyla gerçekleştirememişlerdir. Çünkü belirtilen 110 yıllık dönem, Doğu Türkistan için Çin’e karşı “İsyan Yüzyılı” olmuştur. İsyanlar şu şekilde sıralanmaktadır:
“1757-1759’da Büyük Hoca (Burhaneddin Hoca) – Hoca Cahan (Küçük Hoca) İsyanı, 1765’te Üç Turfan İsyanı, 1815’te Ziyavdin Hoca İsyanı, 1824-1828’de Cihangir Hoca İsyanı, 1830’da Yusuf Hoca İsyanı, 1847’de Yedi Hoca İsyanı, 1857’de Velihan Töre İsyanı, 1864’te Kuçar ve Döngenler İsyanı”dır. Gerçekleşen isyanlar Çin hâkimiyetine karşı yapılmış olup, aynı zamanda Çin’in vergi politikalarını da kapsamaktadır.
19. Yüzyıl boyunca Müslüman nüfusun yoğun olduğu bölgelerde, Çin-Mançu otoritesine karşı birçok isyan gerçekleşti. İsyanlardan biri de Fergana Vadisi’nin yerlilerinden Muhammed Yakub Bey (1820-1877)’in liderliğindeki 1877’deki isyandır. Yakup Bey 1851’de Siri Derya’nın Ak Mescit Kasabası’na vali olarak atandığında, kariyerinin parlak günlerini yaşıyordu. Ancak Khudaya Han’la yaşadığı sorunlar ve Rus saldırısına karşı koyamamasından dolayı 1853’te Buhara’ya gitmek zorunda kaldı. Yakup Bey hakkında 1865’te af kararı çıkartılarak, kendisi Hokand’a geri geldi. Khudaya Han tarafından Kaşgar’a yardım için görevlendirilerek Buzruk’a ve Nakşibendi tarikatının Sufi Şeyhlerinden Khwadja (Hodja-Hoca) / Khwadjagan (Hodjagan-Hocagan) Ailesine gönderildi. Hokand Hanlığı’nda yaşayan Ak Dağlık ve Kara Dağlıklar, Kaşgar’da, Çin-Mançu yönetimine karşı ayaklanmalar ve Batı Sincan’da teokratik idareyi yeniden kurma girişimi başlattılar. Bu süreçte Çinli Kansu Müslümanları, Çinliler ve Sincan arasında bir engel oluşturuyordu. Yakup Bey, hizmet vermekte olduğu Buzruk ve Khwadjagan (Hodjagan-Hocagan) Ailesinin yanından ayrılarak, daha da güçlenmiş olarak siyasete girdi. Buna ek olarak 1867’de kendi kurduğu İslâm devletinin yöneticisi oldu. Yakup Bey, ilk yıllarda kendisini Hokand Hanları’nın vasisi olduğunu ileri sürdü. Bir de “Atalık Gazi” ünvanını kullandı. Sonra tam bağımsızlık iddiasıyla “Yakup Bey Badawlat (İlâhî/kutsanmış)” ismiyle hüküm sürdü.
Yakup Bey’in egemen olduğu Kaşgar, Khotan, Yarkand, Yengihisar, Aksu, Kucha ve Korla şehirleridir. Adı geçen yedi şehrin hepsine Yettishahr (Yedi Şehir-Heptapolis) denilmekteydi. Yakup Bey’in hızlı yükselişi özellikle İngiltere, Rusya ve Osmanlı Devleti’nin dikkatini çekiyordu. Çünkü Doğu Türkistan’da birlik sağlamak neredeyse romantizmden ibaretti. Ancak Yakup Bey, Yedi Şehir arasında birliği gerçekleştirmişti.
Diğer taraftan Rusya ve İngiltere’nin de rekabet halinde olduğu, İç Asya’yı ele geçirme planlarının da ivme kazandığı bir dönemdir. İngilizler 1849’da Pencap’ı, 1865’te Taşkenti ele geçirdiler. Ruslar ise 1868’de Semarkand’ı aldılar. Ruslar tarafından Ma’veraün’nehir ve çevresini kapsayan Transoxania adında işgal bölgesi kuruldu. Bununla birlikte Sincan’daki Mançu yönetiminin de çöküşüyle, İngiltere ve Rusya Sincan’da karşı karşıya kaldılar.
Yakup Bey, İngilizler’in uzlaşma imkânı bulabileceği bir adres olarak belirdi. Sincan üzerinde iki büyük gücün mücadelesinde, Yakup Bey, İngiliz ittifakını Ruslar’a tercih etti. Çünkü Rusya yakın coğrafyada olup, jeopolitik ve lojistik avantajı sayesinde, Sincan için potansiyel tehditti. Buna ek olarak Yakup Bey, 1874’te İngiliz-Hindistan’ının ileri gelenlerinden Sir Thomas Douglas Forsyth ile diplomatik ilişkiler kurdu. Forsyth’nin Sincan’la ilgili iki adet yazılı eseri mevcuttur. Bunlardan birincisi Kalkuta’da 1875 yılında Foreign Department Press’in yayınladığı “Report of a mission to Yarkund’in 1873, under command of Sir T.D. Forsyth: With historical and geographical information regarding the possessions of the ameer of Yarkund (1873 Yılı Yarkund’da Görev Raporu: Sir T.D. Forsyth’in Komutasında Coğrafi Bilgileri ve Yarkund’un Sahibinin Mülkiyeti Hakkında)”dur. İkincisi ise, “Momerandum on Routes from the Punjab to Eastern Turkistan 1827-1886 (Pencap’tan Doğu Türkistan’a Giden Yollarda Bildiriler/Mutabakat 1827-1886)” kitabıdır. Her iki kitap da dönemin Sincan/Doğu Türkistan’ını anlamamıza yardımcı kaynaklardır.