Bu yüzden babası Fatih’in tarihlere sığmayan fetihlerine nisbeten bir kaç yer fethiyle siyasi tarih açısından sönük bir dönem sayılır. 

Siyasi tarih yazmaz ama bu dönemin asıl felâketi bugün ‘asrın depremi’ dediğimiz şiddette bir depremin yaşanmış olmasıdır. Adalar merkezli İstanbul Depremi 10 Eylül 1509’da saat 04.00’de meydana gelmiş, 160.000 nüfusa ve 35.000 yerleşim birimine sahip olan İstanbul’da, aralarında Osmanlı Hanedanı’ndan bazı kişilerin de bulunduğu 13.000 kişi ölmüş ve sayısı bilinmeyen çok sayıda İstanbullu açılan yarıklara düşüp kaybolmuş, 1070 ev tamamen yıkılmıştır. 

Şehrin Surları, Edirnekapı, Silivrikapı, Yedikule, İshak Paşa Kapısı, Topkapı Sarayı, Fatih Camisi, Anadolu Hisarı, Yoros Kalesi, Boğaziçi, Heybeliada, Burgazada, Silivri, Rumeli Hisarı, Kızkulesi, Haliç, Galata ve Pera ağır hasar görmüştür. Birçok kervansaray, hamam, mescit yıkılmıştır. 

Dahası da var; yerde yarılmalar, su ve kum fışkırmaları ve tsunami... Tsunami, şehrin surlarını, Galata ve İstanbul’daki birçok evi sulara gömmüştür. 109 cami tamamen yıkılırken ayakta kalanların da tümünün minaresi tahrip olmuştur. İstanbul Surları zarar görmüş, burçlardan 49’u yıkılmış ya da ağır hasar görmüştü. Ayasofya Camiinin ise fetihten sonra yapılan minaresi yıkılmış. 2. Bayazıd’ın Topkapı Sarayı’ndaki yatak odası da depremden çökmüş, ancak padişah birkaç saat önce odadan ayrıldığı için canı kurtulmuş, Gülhane Parkında günlerce çadırlarda kalınmış, saray da tahrip olduğu icin başkent bir müddet Edirne’ye taşınmıştır.

Yerle bir olan İstanbul’un imarı ise şaşılacak bir hızla ve 2 ayda tamamlanmış, kanunnamelerle yeni evlerin kesinlikle ahşap ve karkas olması emredilmiştir. İşte İstanbul’un o beğendiğimiz ahsap sanatı evlerinin doğma nedeni bu olaydır. Lakin bu evlerin ve İstanbul’un diğer felâketi yangınlar olacaktır. Halk arasında dilek kuyusu diye adlandırılan ve zamanında 2 bin kadar olan kuyular, aslında depremi önlemek amacıyla yerin altındaki biriken gazı yerin üstüne dağıtmak için padişah direktifiyle alınmış bir önlemdir.