Birincisi: Fen ilimlerinden habersiz eğitim gören medrese ehlinde meydana gelen taassubu ve dinî ilimlerden mahrum mekteplilerde oluşan cehaleti ortadan kaldırarak, bu iki kesimin barışmasını sağlamak.
Diğeri: Osmanlı coğrafyasında; Arap, Kürt ve Türkler arasında kavmiyetçilik fikri ile meydana gelmesi muhtemel tefrikanın önlenmesi ile bu unsurların kaynaşmasını sağlamak.
Emirdağ Lâhikasında, “Reis-i Cumhura ve Başvekile” başlıklı mektupta geçen, “...bir İslâm üniversitesi Asya’da lâzımdır. Tâ ki İslâm kavimlerini, meselâ Arabistan, Hindistan, İran, Kafkas, Türkistan, Kürdistan’daki milletleri, menfi ırkçılık ifsat etmesin.”  şeklindeki ifadeden; ikinci amacın şümulünün genişletildiğini ve sadece dar bir bölgeye değil, geniş bir İslâm coğrafyasına hitap edecek şekilde, bir “İslâm üniversitesi” olarak tanımlandığını görüyoruz.
Son zamanlarda, Medresetüzzehra ile ilgili birçok makale kaleme alındığını ve çeşitli platformlarda görüş beyan edildiğini görmekteyiz. Tekrara girmeden, bu konuda akla gelen birkaç soruya cevap bulmaya çalışalım.
1. Soru: “Medresetüzzehra Üniversitesinde” eğitim dili ne olacaktır? Çok dilli (üç dilde) bir eğitim söz konusu mudur?
Bu sorunun cevabını verirken, yukarıda belirtilen ikinci maksadı göz önünde tutmak gerekir. Çok dilli eğitim; aynı eğitimin farklı dillerde yapılmasıdır. Meselâ, (A) Üniversitesinin Tıp Fakültesi çatısı altında,  İngilizce ve Türkçe eğitim veren bölümlerin aynı anda yer alması gibi. Yani, bir bölümdeki öğrenciler eğitimi İngilizce görürken; diğer bölümdekiler aynı eğitimi Türkçe olarak almaktadırlar. Bu durumda çok dilli eğitimden söz edebiliriz.
Diğer yandan, aynı üniversitenin meselâ İlahiyat Fakültesinde eğitim dili Türkçe olmakla birlikte; zorunlu ders olarak Arapça ve seçmeli ders şeklinde de Farsça dilleri öğretilmektedir. Bu durumda eğitim tek dilde yapılmakta, fakat aynı zamanda birden çok dil öğretilmektedir.
Ülkemizde birçok üniversitede her iki uygulamanın örnekleri bulunmaktadır.
Şayet “Medresetüzzehra”da Arapça, Türkçe ve Kürtçe dillerinde çok dilli bir eğitim öngörülmüş olsaydı, Müellif-i Muhterem bunu açıkça ifade eder, bu dilleri “vacip-caiz- lâzım” şeklinde kategorize etmezdi.
Bu tasniften çıkarılacak sonuç: Arapçanın vacip yani zorunlu ortak eğitim dili olması; Türkçenin, resmî dil olması sebebiyle, mezunların devlette görev alabilmesi için, öğretilmesinin lâzım yani gerekli olduğu; Kürtçenin de Medresetüzzehra’nın tesisinin öngörüldüğü bölge halkının çoğunluğunun ana dili olması dolayısıyla caiz, yani isteyenlere bu dilin eğitiminin verilebileceğidir.
Aksi takdirde; eğitimin ortak bir dil yerine, üç dilde ayrı ayrı yapıldığı çok dilli bir müessesede, farklı unsurlar arasında amaçlanan kaynaşma sağlanamaz.  
2. Soru: “Medresetüzzehra” modelinde öngörülen eğitim sistemi nasıl olacaktır? Amaçlanan, fen ilimleri ile din ilimlerinin bir arada okutulması mıdır?
“Medresetüzzehra” modeli eğitim sisteminde esas olan; fen ve din ilimlerinin birlikte okutulması değil, bu ilimlerin birbiriyle “mezc ve derc” edilerek okutulmasıdır. Yani, aralarındaki çelişkilerin ortadan kaldırılarak, birbiriyle uyumlu hale getirilip kaynaştırılması ve böylece yukarıda belirtilen taassup ve cehaleti ortadan kaldıracak şekilde bir eğitimin uygulanmasıdır.
Bu noktada; son zamanlarda piyasaya sürülen ve çokça eleştirilen niteliksiz sadeleştirme çalışmalarında yapılan hatalar gibi, orijinal metinde geçen “Fünun-u cedideyi, ulûm-u medaris ile mezc ve derc” ibaresini; “fen ve din ilimlerinin birlikte okutulması” şeklinde ifade etmek hatalı olur.  
Çünkü Müellif, bu ilimler birlikte okutulacak demiyor, bu ilimler “mezc ve derc” edilmelidir, diyor.
Bunun anlamı: Bu dersler arasındaki çelişkiler giderilerek, birbiri ile uyumlu hale getirilmelidir. Bu manayı doğrulayan ifade: “Vicdanın ziyası ulûm-u dîniyedir. Aklın nuru fünun-u medeniyedir. İkisinin imtizacıyla hakikat tecellî eder” beyanıdır. İmtizaç, çelişkilerin giderilmesi ile sağlanabilir. 
Bu ibareyi, fen ve din derslerinin birlikte okutulacağı şeklinde anlamak; “İmam Hatip Okulu” gibi bir modelin hedeflendiği manasına gelir. Fen ve din ilimlerinin birlikte okutulması, lise düzeyinde bir dereceye kadar mümkün olsa da, ihtisas çağında böyle bir üniversite modeli gerçekçi olmaz.
Yüksek öğretimde din ilimleri tahsil edecek talebenin temel fen bilgilerine sahip olması ve fen dalında eğitim görecek olanların temel dinî bilgilere sahip olması, elbette gereklidir. Fakat bu ihtiyaç, üniversite öncesi eğitimde sağlanmış olmalıdır.
Söz konusu iki ilim dalına ait derslerin mevcut haliyle birlikte okutulması durumunda, meselâ beşer tarihini altı-yedi bin yılla sınırlayan dinî bir ders ile yeryüzünde sekiz- on bin yıldan daha eski pek çok yerleşim yeri kalıntılarının bulunduğunu anlatan bir arkeoloji dersinin aynı çatı altında birlikte okutulması, aradaki çelişkiyi gidermez, arttırır. 
Açıkçası, bu altı-yedi bin yıl meselesi İsrailiyat değil ise tevil ve tefsire muhtaçtır. Günümüzde yapılan arkeolojik kazılar ve karbon testi gibi ilmî çalışmalar, beşer tarihinin altı-yedi bin yılın çok ötesine geçtiğini göstermektedir. (Bediüzzaman, beşer tarihinin yedi bin yıl olduğuna dair rivayetle ilgili olarak; Rumuzat-ı Semaniye adlı Risalenin son bölümlerinde önemli izahatta bulunmaktadır.)   
Bunun gibi, insanın balçıktan yaratıldığını anlatan bir tefsir dersi ile türlerin tekâmülünden bahseden bir biyoloji dersini bir arada okutmak da şüpheleri gidermeyecek, arttıracaktır.
Yapılacak iş; öncelikle bu iki ilim dalının aralarındaki çelişkilerin giderilerek, birbiri ile uyumlu hale getirilmesidir. Açıkçası; bir taraftan kâinatın, haricî sebeplerle, tesadüfen veya kendi kendine var olmayıp, yüce bir Sanatkâr’ın eseri olduğu, Tabiat Risalesi’ndeki gibi mantıkî delillerle izah ve ispat ile;  diğer taraftan, Cenâb-ı Hakk’ın takdiri ve kanunları dairesinde, kâinatta daimî bir tekâmülün cereyan etmekte olduğunun ortaya konulmasıdır.
Elbette bu husus, Darwin’in iddia ettiği gibi tabiatçı bir bakış açısı ile değil, Muhakemat adlı eserinde “...hilkat-i âlem, kanun-u tekâmüle tâbidir” diyen Bediüzzaman’ın tevhidî bakış açısı ile olmalıdır.
Bu arada, Darwin’den bir asır önce, varlıkların tekâmülünden bahseden Erzurumlu İbrahim Hakkı ve benzeri İslâm Âlimleri de hatırlanmalıdır. 
Risale-i Nur Külliyatında, fen ve din ilimlerinin mecz ve derc edilmesi yönündeki çalışmalara ışık tutacak, ölçü ve rehber niteliğinde pek çok bilgi bulunmaktadır. Bu meyanda, “Akıl ve nakil teâruz ettikleri (çeliştikleri) vakitte, akıl asıl itibar ve nakil tevil olunur -Muhakemat” ve “...Âlemde tekâmül kanunu vardır... -İşaratü’l- İ’caz”. Ayrıca, 20. Söz’de ilmî keşiflere işaret eden, Peygamberlerin mu’cizelerinden haber veren âyetlerin tefsirleri ile 5. Şuâ’da, ahir zamanla ilgili hadislerin tevil ve tefsirleri zikredilebilir.
Fen ve din ilimleri arasında, birbiri ile alâkadar sahalarda görülen çelişkiler izale edildiği ve din adamlarına temel fen bilgileri, fen adamlarına da temel dinî bilgiler verildiği takdirde sorun çözülecektir. Bu durumda, meselâ zelzele ile ilgili bir âyeti okuyan bir ilahiyat mensubu, zelzele hadisesini fennen açıklayan jeoloji diye bir ilim dalı olduğunu hatırlar; diğer taraftan, yer katmanlarının hareketlerini inceleyen bir jeolog, bu hareketlerin tesadüfen meydana gelmediğini, Cenâb-ı Hakk’ın fıtrat kanunları dairesinde cereyan ettiğini anlatan dinî metinleri düşünür. Böylece biri taassuptan, diğeri cehaletten kurtulmuş olur.                             (Devam edecek)