Arama sonucunda çantası ve karyolasında Risale-i Nur kitapları ve Kur’an-ı Kerîm bulunur. Polisler, onu hemen alarak emniyet müdürlüğüne getirir ve burada ifadesi alınır. İfadesinde ona “Nurcu olmadığını söyle, serbest bırakalım!” derler. Rıfat Filizer, nurculuğu reddedemeyeceğini söyleyince onu askeri birliğe götürürler. Askeri birliğe getirilince dokuz gün mahpus kalır. Sonra Ayaş’ta bir alaya götürülür. Orada iki ay kalır. İki ay sonra alay karargâhına getirilerek iki jandarma nezaretinde önce Ankara’ya, oradan Afyon’a götürülür. 23 Nisan 1948’de Afyon hapishanesine getirilir. İkinci koğuşa yerleştirilir. Koğuşta Ahmet Feyzi Kul ile altı ay birlikte kalır. Rıfat Filizer, hapis süresi içinde Bediüzzamanla görüşmek istemesi üzerine Ahmet Feyzi Kul, ona Bediüzzaman ile nasıl görüşebileceğini anlatır. Bir teneffüs esnasında, bahçeden Bediüzzaman’ı görmek ona nasip olur ve karşılaşma esnasında onunla selâmlaşır. Böylece Risale-i Nuru tanıdıktan altı yıl sonra Bediüzzaman’ı görmeye muvaffak olur.

Rıfat Filizer’in Afyon hapishanesine getirilmesiyle birlikte Risale-i Nur talebelerinin sayısı 19 kişi olmuştu. Bediüzzaman bu rakam üzerine “Fesübhânallah! Afyon hapsinde bu 19 rakamı İsm-i Âzama tevafuk etti” der. Rıfat Filizer, hapishane idaresine, defalarca Bediüzzaman’a hizmet etmek isteğiyle müracaat eder. Birçok müracaattan sonra Bediüzzaman’ın hizmetlerini görmesine izni çıkar. Böylece her gün ikindiden sonra Bediüzzaman’ın hizmetine gider. Hizmetleri esnasında Bediüzzaman’ın sayısız iltifatlarına mazhar olur. Bediüzzaman, “Birincisi, Rıfat, seni yirmi ferik, üç miralay olarak kabul ediyorum.” İkincisi, “Rıfat, üstadlarım devamlı olarak-şehadet parmağını uzatarak- ‘Bu çocukla meşgul ol!’ derlerdi. Bunun sırrını anlayamamıştım. Şimdi senden soruyorum, sen kimlerdensin?’ demesi üzerine Rıfat Filizer, ‘Üstadım, Konya Ayân azası Zeynel Abidin’in kardeşinin torunuyum’ deyince “Fesübhânallah, demek üstadlarımın beni ikaz etmelerindeki sebep buymuş. Demek ki onlar seni bana teslim etmişler” dedi.

Rıfat Filizer, Bediüzzaman Said Nursî ismini ilk olarak gençlik yıllarının başında duyar, ancak Risale-i Nur’a ilgi duyması lise yıllarında Ziya Arun ile Mehdî Halıcı’nın vesilesiyle olur. Rıfat Filizer, 1942 yılında Sabri Halıcı vasıtasıyla Bediüzzaman’a bir mektup gönderir. Bediüzaman, mektubu alınca onu talebeliğe kabul ettiğini söyler. Bu arada Rıfat Filizer, Gençlik Rehberi ile birlikte bazı risaleleri okur ve bunları çevresine tanıtmaya çalışır. Risaleleri okudukça içindeki iman çekirdeği gittikçe inkişaf eder. Risale-i Nur’u tanıtma çalışmaları sürerken PTT’de çalışan Zübeyir Gündüzalp ile karşılaşır. Kendisi ile altı aya yakın meşgul olunca Zübeyir Gündüzalp Risale-i Nur’u tanımış olur. Rıfat Filizer bu hizmete vesile olduğu için kendini ömür boyu bahtiyar hisseder. Hayatını Kur’an ve iman hizmeti olan Risale-i Nur’a adayan Rıfat Filizer, 1923 yılında Konya’da dünyaya gelir, 1993 yılı Ağustos ayında rahmet-i Rahmana kavuşur.

Kaynak: Necmeddin Şahiner- Son Şahitler-2