Bu ortam maddî Medresetü’z-Zehra’yı kuvveden fiile çıkarır. Sâri hastalık olan istibdadın zayıfladığı oranda fıtrî olarak şekillenebilen demokratik bir taleple hayatlanan bu insanî değer, atanmış pasif bir idare yerine ortak aklın ve şahs-ı manevînin hâkim olduğu dinamik yapısıyla, ancak hürriyet ve meşveret zemininde yükselir. Resmî ideolojilerin hüküm sürdüğü hürriyetsiz/meşveretsiz toplumlarda, hürriyet ve meşveret temelli bir maddî Medresetü’z-Zehra’nın tesisi müşkil, belki imkânsızdır.

Medresetü’z-Zehra, fen bilimlerinin yanında din derslerinin okutulduğu yahut Risale-i Nurların okutulacağı sınıfların olduğu bir okul değil, müspet ilimlerin işlendiği ders metinlerine, Risale-i Nur referanslı Esmâ taliminin kombine edildiği bir sistemdir. Bediüzzaman Hazretleri’nin patentini taşıyan bu projede kâinattaki hiçbir unsur manasız ve gayesiz boşlukta değildir, yaratıcı ile ilişkilendirilmiştir. Vahdetinin muktezası, bütün mevcudat atkı ipleri gibi hadsiz münasebetler ile birbirine bağlanmıştır. Fıtrat, kâinatın sırlarını açacak bir anahtarla (ene) techiz edilip varlıklar arasındaki intizam bağlarını -bir yapboz gibi- bulmaya ve anlamaya sevk edilmiştir.  Yalnız “ne ve nasıl” üzerine değil “kim ve ne niçin”i anlamak hayatı boyunca öğrendiği her türlü malumatı yaratıcının isim ve sıfatları hesabına çevirmeye, malumatını marifete dönüştürme çalışması, insanın en büyük imtihanıdır. Kur’ân-ı Kerîm’in her ayetinde tevhid, haşir, nübüvvet ve adalet-ibadetten oluşan 4 temel mesajın bir arada bulunması gibi, dersler de İlâhî mesajlara açılacak şekilde işlenir. 

Fenler, Hakîm isminin birer tecellisinden ibaret kanunlar topluluğudur. Materyalist ve pozitivist eğitim maneviyata kör olduğundan, ilmi marifetten koparmış, fen ile dini birbirine zıt iki unsur gibi göstermiştir. Oysa Medresetü’z-Zehra anlayışında fennî bilgiler kuru birer odun yığını olmaktan çıkar; her bir fen dalı, Allah’ın isim ve sıfatlarını bildiren birer marifetullah vasıtasına dönüşür. Bu okulda fen sınıfı, din sınıfı diye bir ayrım yoktur. İnsan bedenindeki kan dolaşımı veya solunum sistemi incelenirken olaylar sadece mekanik süreçler olarak geçiştirilmez; “Sâni-i Hakîm bu harika sanatla neyi bildiriyor, hangi isimleri ile bizimle muhatap oluyor?” sualiyle akıl ve kalp beraber çalıştırılır. 

Medresetü’z-Zehra’nın dili ve anlatım şekli de orijinaldir. Birer kanun olan her bir fen, bir kanun koyucuyu hatırlatır ve beraber talim edililir. Medresetü’z-Zehra’nın temel kaynağı olan Risale-i Nurlarda, etken/aktif çatılı fiiller kullanıldığında fail olarak doğrudan uygun esmâsıyla Allah zikredilir: “Sâni-i Hakîm beden-i insanı gayet muntazam bir şehir hükmünde halk etmiştir” gibi. Olayların anlatımında edilgen/pasif çatılı fiiller kullanıldığında ise olayların arka planında müstetir fâili düşündürecek “kim tarafından?” sorusu akla getirilir: “...bu dokunan, yapılan şeylerin her bir cinsi... ; ...birbiri içinde, bir tarzda, bir anda yapılıyor, nescediliyor... ; ...basit esbap altında yapılan o azîm ve garip işlerde...”.  

Girift hakikatler de temsil dürbünüyle yaklaştırılarak akıl-kalp birlikteliğinin ve öğretimin eğitime dönüşmesinin yolu açılmış olur.

Risale-i Nur’da din ilimleri vicdanın ziyası; fen ilimleri aklın nuru olarak nitelendirilir. Hakikatin ışığı bu ikisinin birlikteliği ile tezahür edecektir. Hem taassup hem de şüphelerden kurtulmanın başka çaresi de yoktur.