Tarihçiler, bu olayın İmparatorluğun kaderi açısından bir kırılma noktası olduğu yönünde görüş birliği içindeler. Ecdadına yakışır kahramanlığı, ilmi, feraseti ve birçok takdirkâr özelliklerinden ötürü halkın gönlünde taht kuran, mukadder padişah gözüyle bakılan, iktidar yolunda asker ve ulemanın büyük desteğini alan Şehzade Mustafa, Kanunî döneminin ihtişamını devam ettirebilecek tek isimdi ve onun katliyle devamlı yükseliş şeklindeki tarihi akış da tersine döndü. 
Tarihimizin bu acı hadisesinin özü itibariyle nedeni şuydu: Kanunî’nin yaşlılığı dolayısıyla artık devleti idare edemediği üzerine yayılan dedikodular gözleri şehzadeler üzerine çevirmişti. Beyazıd’ın padişah olmasını isteyen Rüstem Paşa’nın oyunları, Şehzade Mustafa aleyhindeki çeşitli ifsat odaklarının harekete geçerek Şehzade Mustafa’nın İran Şah’ı Tahmasb ile gizlice ittifak yaptığına padişahı inandırmaları üzerine Ebussuud Efendinin de fetvası alınarak gerçekleştirilen bu katlin nedeni ‘devlete isyan’ suçlamasıydı. Ne var ki, o gün olduğu gibi bugün de isyanla ilgili delillerin yetersizliği, konuyla ilgili şahitlerin yalancılığı üzerinde en çok ittifak edilen hususlardandır.
Dizide de Şehzade Mustafa’nın sürekli yanında olan şair Taşlıcalı Yahya o gün yaşanan acıklı hadisenin doğurduğu travmayı Şehzade Mustafa Mersiye’sinde herkesin hissiyatına tercüman olarak dile getirir. “Medet medet bu cihanun yıkıldı bir yanı/ Ecel celalileri aldı Mustafa hanı./Tutuldu mihr-i cemali bozuldı erkanı/ Vebalde koydular al ile Al-i Osmanı…”
Benim de yıllardır sorguladığım içimi sızlatan şehzade katilleri, tarihimizin yürek burkan, hakikaten de Osmanlıyı vebal altında bırakan acı hadiselerindendir. Henüz beşikte ya da çocukken, gelecekte muhtemel bir isyan ya da bölünme tehdidinin önüne geçmek için yapılan bu infazlar nasıl yorumlanmalıdır? Osmanlı’nın adaletle hükmetmiş cihangirane bir imparatorluk oluşu ya da Osmanlı’ya duyduğumuz hayranlık böyle bir olayın vicdanlarımızda ya da tartışmalarımızda örtbas edilmesi için geçerli bir sebep midir? Şehzade katllerine dayanak oluşturan “Devletin bekası için fertler feda edilir” hükmü izafi adalet anlayışının uygulamalarından biri olarak günümüze kadar tartışılagelmiştir. Devleti öne alan, devleti kutsayan yaklaşımların bir tezahürü olarak da görebileceğimiz bu anlayışa dayanan ve ‘siyaseten katl’ olarak tarihimize geçen bu uygulamaların elbette ki günümüz siyasetine bakan yönleri de vardır.
Öncelikle şehzadelerin öldürülmeleri ile ilgili tartışmalarda şunu vurgulamak gerekir ki, bu elim hadiselerin Kur’ânî ve İslâmî bir yanı yoktur. Bunu Kur’ân adına savunmaya kalkmak da beyhude bir çabadır. Kur’ân’ın adalet anlayışı muhtemel bir suç için aleyhte hüküm vermez, masumun hakkını koca bir imparatorluğun geleceği de söz konusu olsa korur. Devlet yönetimi ve adalet bahsinde, padişahlık devirlerinin de bir ferdi olan Bediüzzaman’ın mensubu olduğu Osmanlı’yı değil de Asr-ı Saadet’i vurgulaması Kur’ân’ın temel ilkelerinden biri olan adalet-i mahzanın Asrı Saadet’teki uygulamalarından ötürüdür. Kur’ân’ın adalet anlayışına göre bir masumun hakkı söz konusu olduğunda her şey biter. Bir toplumun ya da devletin geleceği dahi söz konusu olsa masumun hakkı çiğnenemez. Karşı tez, devletin ya da toplumun selameti için ferdin hukukunun zayi edileceğini savunur. Bu anlayışın yansımalarını bugün de görmek mümkündür. Günümüzde en son Hayrettin Karaman’ın fetvalarında rastladığımız, Muhsin Yazıcıoğlu’nun ölümüyle de bağdaştırdığı ve meşrulaştırdığı bu anlayışın Kur’ân’ın adalet anlayışıyla uyuşmadığını söylemek şimdilik yeterlidir. Osmanlı’yı ya da Kanunî’yi savunmak adına adalet-i izafiyi savunur konumda olmak insandan önce devleti önceleyen anlayışın ürünüdür. Bu anlayışı son yıllarda siyasal İslamcılarda, milliyetçi kesimlerde ya da Kemalistlerde hep görür olduk. Son günlerde de yaşanan olaylarda bir cemaat üzerinden yapılan operasyonlarda bu anlayışın yansımaları söz konusudur. Toplu görevden almalar, tasfiyeler, suçlu-suçsuz ayırmadan toptancı yaklaşımlar gayretullaha dokunacak tarzdaki izafi adalet uygulamalarıdır. Şehzade Mustafa olayındaki vebalden farklı bir yanı yoktur. Bu veballer o gün olduğu gibi bugün de bizi ayakta tutan ana direkleri yıkmakta, cihanın bir yanı dediğimiz uhuvvet-muhabbet ve adalet duvarlarımızı yıkmaktadır.