Bediüzzaman, 31 Mart olaylarının o karışık günlerinde, Gebze eski Belediye Başkanı’nın da önceki davetine icabet etmek, hem de İstanbul’un karışık ortamından kurtulmak üzere, İzmit’e geçer. İzmit’ten daha da uzaklara gitmeyişini bilakis İstanbul’a dönüş vesilesini beklediğine dair aldığı mânevî ihtarı Yirmi Sekizinci Lem’a, Birinci Nüktesi’nde; “31 Mart hâdisesi münasebetiyle, İstanbul’dan kaçarak muvakkat bir zaman mücahede-i mâneviyeyi bırakmak niyetiyle, Hareket Ordusu’ndan firar edip İzmit’e geldiği tarihe tevafuk ediyor.” ifadesi mevcuttur. Buradan da; “Hazret-i Ali’nin (r.a.) ‘Bedi’ anlamındaki Celcelûtiye’sini okurken: “Yâ Saîde’n Nursî” (Ey Said Nursî!) zammiyle bin üç yüz yirmi beş (1325/1909) eder. İşte o tarihte: “Akbilvelâtahreb” (Karşıla! Kaçma) ve yine “Vela’tahşe..” tabirinin de: “Hâkimler, padişahlar, reislerin sana hücûmlarından ve esaretlerinden ve yakalamalarından korkma!” hitabına muhatap olduğunu, İstanbul’a dönme kararını alarak bir vesile beklemeye başladığı anlaşılmaktadır. Buradan da Bediüzzaman’ın hemen bütün hayatında olduğu gibi, 31 Mart olaylarında da yine Şeyh Geylâni’nin mânevî yönlendirilmesi ve himâyesi altında olduğunu anlamaktayız.
İzmit’te tevkif edilerek İzmit’ten trenle İstanbul’a sevk edilişini ve Harbiye Nezareti nezarethanesine konmasını Ceride-i Sofiye Gazetesi 18 Nisan 1325 tarihli nüshasında haber vermektedir. Gazete en erken bir önceki gün havadislerini yazdığına göre, tevkifin 17 Nisan 1325’te yani 30 Nisan 1909 günü gerçekleştiği anlaşılmaktadır. Gazete baş sayfanın üst kısmında yer alan haberde, onun İzmit’te tutuklandığı, trenle Dersaadet’e(İstanbul’a) gönderildiği, ardından Harbiye Nezareti’ne nakledildiği bildiriliyordu.
1 Mayıs 1909 târihli Cerîde-i Sufiyye şu haberi geçer:
“Bedîüzamân-ı Kürdî, İttihâd-ı Muhammedî Cem’iyeti a’zâsından bulunan Kürd Hoca denmekle ma’rûf Bedîüzzamân Sa’îd dün İzmit’te tevkîf olunarak şimendüferle Dersaâdet’e gönderilmiş ve Dâire-i Harbiye’ye i’zâm kılınmıştır.”
Son Şahitler’de Bediüzzaman’ın İzmit’ten sevki
Bediüzzaman’ın İzmit’e geldiği merkez-i umûmîye soruldu, nezaret altına alınması cevabı geldi. O karışık günlerde, sanki Bediüzzaman da isyancıymış gibi, İzmit’ten alınarak İstanbul’a getirilmişti. Bütün mübarek ömrü boyunca asayişin, nizam ve intizamın taraftarı ve hizmetkârı olan Bediüzzaman gibi bir şahsiyeti bilemeyen nâdanlar, başkalarıyla kıyaslıyorlardı. İşte bunlardan birisi de Mahmud Şevket Paşa’ydı. 31 Mart hâdisesine karışan isyancılar birer birer toplanarak, bugünkü İstanbul Üniversitesi’nin arkasında bulunan Bekir Ağa Bölüğü denilen hapishaneye atılıyorlardı. Kocaeli’den İstanbul’a dönen Bediüzzaman’ı da, diğer mahkûmlarla beraber muhakeme edilmek üzere, Bekir Ağa Bölüğü’ne kapatmışlardı. Hem de ağır ceza alabilecek idamlıkların koğuşuna... İşte Sultan II. Abdülhamid devrinin namlı paşalarından Kabasakal Mehmed Paşa ile Genç Bediüzzaman, Bekir Ağa Bölüğündeki idam hücresinde karşılaşmışlardı. Bu hatıra ve tespitleri 31 Mart hâdisesinde idam mahkûmlarının celladı Hasan ismindeki bir zabitin hatıra notlarından okumaktayız.”
Bediüzzaman’ın Nezarete konması
İzmit’ten trenle İstanbul’a sevk edilen Molla Said Harbiye Nezareti nezarethanesine konur. Burada, 31 Mart harekâtı ile birlikte Merkez Kumandanı olan Enver Bey (Paşa) ile bire bir görüştükleri ve aralarında bir yakın dostluk kurulduğunu esaret dönüşünde, Enver Paşa’nın Bediüzzaman’ı takdiri ile kendisini Genelkurmay adına o zamanın en yüksek ilmî hey’eti olan Daru’l Hikmet’il İslâmiye’ye kurucu aza olarak Padişah tarafından tayin ettirmesinden anlıyoruz. 31 Mart’ta İstanbul Merkez Komutanlığı’ndaki nezaret günlerinin ardından Bekir Ağa Bölüğü Cezaevine konulan Bediüzzaman Sıkıyönetim Mahkemesi’nde yargılanır.